Лишь в августе 1884 года был обнародован новый университетский устав, явившийся «детищем» Д. Толстого, а позднее назначен министром просвещения И. Д. Делянов, который «был решительным врагом всяких либеральных веяний и являлся неизменным оруженосцем Победоносцева и Толстого».
Новый устав 1884 года был принят без предварительного одобрения Государственным советом, многие члены которого выступили с серьезными возражениями. Утвержденный императором устав, по выражению Б. Н. Чичерина, обезглавил университеты и «перевернул вверх дном». Показательно, что реакционная печать дала высокую положительную оценку уставу 1884 года «Московские Ведомости» писали, что в новом уставе «не допущено никаких искажающих дело компромиссов, не сделано никаких поблажек самодурству… Историческое дело благоустройства учебного дела в России, выпавшее на долю Толстого, получило теперь свое завершение… Надо всем простирается направляющий и контролирующий надзор государственной власти». Действительно, новый устав практически упразднил автономию университетов — был введен строжайший контроль министерства за преподавательской деятельностью, учебной программой и учебными планами университетов; министерство повышало и увольняло по представлению попечителя профессоров, «избирало» ректора и деканов факультетов. Историк А. А. Кизеветтер впоследствии так оценил значение устава: «Университетский устав 1884 года устанавливал некоторые полезные нововведения… совершенно ниспровергал университетскую автономию, сводил к нулю самостоятельность совета профессоров, уничтожал выборное начало в строе управления университетом, отменял выборы ректора и деканов и превращал ректора и деканов в чиновников назначаемых: ректор — министром народного просвещения, деканы — попечителем учебного округа».[379]
В «Соображениях о приведении в действие постановлений нового устава» подчеркивалось политическое значение университетов: «университет как учреждение государственное не может не иметь политической цели», поэтому «…университетское воспитание… должно быть на службе государственных интересов и правительственной власти». Отсюда вытекало требование, чтобы «профессора в политическом отношении сознавали себя органами правительства и обязанными следовать его видам». Выборы профессоров не могут быть предоставлены «случайностям и пристрастиям», а должны быть результатом «внимательного и подробного обсуждения с решающим голосом центральной власти». Во время таких «избраний» профессоров и доцентов главное внимание обращалось на их «благонадежность» и образ мыслей. При этом наряду с прискорбными случаями увольнения способных ученых и педагогов случались и курьезы. Так, один доцент Харьковского университета (впоследствии видный ученый) был «оставлен за штатом», то есть не принят на должность, так как, «по частным сведениям», один его доклад на археологическом съезде в Одессе был признан не соответствующим официальной концепции. Однако впоследствии оказалось, что упомянутый доклад был сделан совсем другим человеком.