Только после этих многочисленных осмотров студенты допускались к занятиям, на которые оставалось все меньше времени. Неудивительно, что за годы попечительства Магницкого количество студентов Казанского университета значительно уменьшилось. За это же время там не было напечатано ни одного научного труда.
В то же время между профессорами процветали интриги, доносы, ссоры. Собрание ученого совета университета проходило во взаимных обвинениях в темных интригах, составлении фальшивых протоколов, во взяточничестве и т. п.
Автор многотомной истории Казанского университета Н. П. Загоскин так характеризовал эпоху попечительства Магницкого (1819–1826); «Массовые увольнения неугодных Магницкому профессоров, признанных им неблагонадежными, с заменой их попечительскими креатурами, фарисейская благонамеренность, часто скрывающая под своей личиной невежество и нравственные недостатки; развитие лицемерного ханжества среди учащих и учащихся; запрещение одних наук и ограничение в преподавании других рамками узких и тенденциозно составленных программ».[48]
Следующей жертвой реакции стал преобразованный в 1819 году из Главного педагогического института Петербургский университет. Первоначально он состоял из трех отделений: 1) наук юридических и философских, 2) наук исторических и словесных, 3) наук математических и физических. В отличие от Московского университета здесь не было четвертого, медицинского отделения, так как в Петербурге существовала Медико-хирургическая академия. Отделения возглавляли профессора Лодий, Герман и Чижов. Первым ректором Петербургского университета стал профессор М. А. Балутьянский, видный специалист в области политических и юридических наук, человек прогрессивных взглядов, друг Сперанского и автор многочисленных проектов по крестьянскому, финансовому и другим вопросам. Для преподавания были привлечены выдающиеся ученые и педагоги. Большую популярность заслужили такие профессора университета, как А. П. Куницын, блестящий оратор, любимый лицейский педагог, пламенный патриот, известный своими выступлениями и статьями в период Отечественной войны. Куницын читал естественное право и общую теорию права. В 1815–18 годах он опубликовал на страницах журнала «Сын Отечества» статьи, в которых отстаивал преимущества конституционной формы правления. Европейски образованный специалист, историк и литератор (впоследствии известный драматург) профессор Э. Раупах преподавал всеобщую историю. Курсы статистики и географии читали К. Ф. Герман и К. И. Арсеньев. Профессор К. И. Герман, «ученик знаменитого Шлёцера в Геттингене был, по отзывам современника, человек умный и ученый… честный и добрый». К. И. Арсеньев был учеником профессора Германа, его лекции привлекали студентов как доступностью и четкостью изложения, так и политическим анализом материала, антикрепостническими убеждениями. Талантливым педагогом и ученым был и декан математического отделения профессор Д. С. Чижов.