С 1 ноября 1819 года начался первый учебный семестр в Санкт-Петербургском университете. И если укомплектование университета педагогическими кадрами прошло вполне успешно — значительная группа его профессоров стала украшением отечественной науки, то набор студентов представил значительные трудности. 100 казеннокоштных студентов (то есть студентов, находившихся на государственном обеспечении, получавших стипендию и общежитие — Н. Я.) были переведены из Главного педагогического института. Однако на дополнительный прием «своекоштных» студентов было подано только 27 прошений на 3 отделения. Один из поступающих был принят без экзамена «по удовлетворительному гимназическому аттестату». Итоги экзаменов остальных оказались печальными: троим было вообще отказано в приеме «по совершенной неудовлетворительности знаний», шестеро были подвергнуты переэкзаменовке, причем двое тут же от нее отказались; один абитуриент оказался крепостным и был оставлен вольнослушателем, остальные же были приняты, «несмотря на то, что большая часть их не показала в латинском языке никаких сведений».[49]
Надо заметить, что и в последующие годы число студентов возрастало медленно. К 1823 году число своекоштных студентов увеличилось только на три человека. Одной из причин этого было то, что некоторые предметы читались на латинском языке, естественно, что слабое знание его создавало студентам большие трудности. Основной же причиной малочисленности созданных в начале XIX века русских университетов было все же, видимо, то, что дворяне избегали высших учебных заведений смешанного типа, стараясь определить своих детей в закрытые привилегированные училища.
Предполагалось, что деятельность нового университета будет строиться на основе устава, проект которого разрабатывал М. А. Балугьянский. Он предопределял расширение учебной программы и научной базы университета, введение прогрессивных методов обучения, связь университетской науки с народнохозяйственной жизнью страны. Но не успев еще окрепнуть. Петербургский университет стал жертвой правительственных репрессий. Недовольство администрации возбудила книга Куницына «Право естественное», которая, несмотря на положительные отзывы ученых и педагогов, в числе которых были Балугьянский и директор Царскосельского лицея Энгельгардт, была признана «сбором пагубных лжеумствований». В результате последним был объявлен выговор за допущение в подведомственных им учебных заведениях «вредного сочинения», Куницын же был уволен из университета.
В 1821 году на Петербургский университет была распространена инструкция Магницкого, составленная им для Казанского университета и требовавшая изложения всех наук в духе евангельского учения. На другой же день ректор профессор Балугьянский обратился к попечителю Санкт-Петербургского учебного округа Д. П. Руничу с письмом, в котором ходатайствовал об отставке. «По-видимому, — считает автор посвященной ему монографии, — Балугьянский счел невозможным для себя принять „Инструкцию“».