Мобилизация прошла успешно. Казармы пополнились новобранцами, однако в первое время на ночь к ружейной пирамиде ставились офицерские караулы. Несмотря на видимые успехи и осуществленный мобилизационный план, Гришин был снят с должности спустя месяц. Причиной снятия явилась его ссора с британским консулом в Челябинске, в ответ на нелицеприятное замечание о России которого Гришин сказал: «Еще вопрос, кто в ком больше нуждается: Россия в союзниках или союзники в России». Этого вполне невинного замечания военного министра хватило для того, чтобы недоброжелатели его в правительстве представили дело председателю правительства в невыгодном для Гришина свете, и тот был вынужден отбыть на Юг, в распоряжение Деникина, получив пост военного губернатора в Одессе.
Преемником убывшего Гришина на посту военного министра стал генерал-майор Павел Павлович Иванов-Ринов, «бывший полицейский пристав в Туркестане, типичный полицейский ярыжка, никакого понятия о военном деле не имевший, но чрезвычайно искусный в интригах и много повредивший всему Сибирскому делу»[76].
Из преобразований, проведенных им на посту военного министра, Иванов-Ринов отметился лишь распоряжениями вернуть погоны как важный элемент униформы Сибирских войск, а также направлением офицеров, перебежавших из Красной армии, в нестроевые части на рядовые должности на время прохождения испытательного срока.
Александр Васильевич Колчак хорошо понимал цену этому военному министру и после своего утверждения в должности передал бразды правления генерал-лейтенанту Болдыреву. Скептики отмечали, что высокое звание генерала было не вполне оправдано в армии, состоявшей всего из нескольких батальонов, но соглашались, что «в Сибири больше, чем где-либо, обнаружилась страсть к высоким званиям и широким правам, которыми злоупотребляли, а об обязанностях не очень заботились…»[77].
Тем не менее с приходом Колчака к власти разрозненная российская армия упраздненного правительства Директории подверглась реорганизации. Действующие войска сводились в три отдельные армии. 24 декабря 1918 года на Пермском направлении из частей бывшей Екатеринбургской группы была образована Сибирская армия генерала Радола Гайды. Спустя всего четыре дня, 28 декабря 1918 года, была сформирована Оренбургская (Южная) казачья армия генерала А. И. Дутова, которая взаимодействовала с Уральской казачьей армией генерал-лейтенанта Николая Антоновича Савельева, возглавленной впоследствии Владимиром Савельевичем Толстовым. В самом начале 1919 года, 1 января, из частей бывших Прикамской и Самарской групп была создана Западная армия генерал-лейтенанта М. В. Ханжина, подкрепленная Южной армейской группой генерал-майора Петра Альфредовича Белова. В феврале 1919 года был также избран Главный Священник Армии и Флота вооруженных сил A. B. Колчака протоиерей о. Александр (Касаткин), который служил священником 1-й армии еще с октября 1916 года и был участником русско-японской войны. Кандидатура о. Александра был поддержана Верховным правителем. Согласно положению о Главном Священнике Армии и Флота, утвержденному военным министром, ему были переданы в подчинение все церкви и благотворительные учреждения военного ведомства. В компетенцию Главного священника входило назначение благочинных и закрепление за ними церквей, не принадлежавших дивизиям, ходатайство перед военным руководством о награждении лиц духовного звания, распоряжение финансами и оказание материальной поддержки нуждающимся семьям военного духовенства.