Подводная война еще более усложнила эти взаимоотношения, так как подводные лодки были выделены в распоряжение каждого самостоятельного командующего. Кроме того, начальник Адмирал-штаба непосредственно подчинил себе отдельные группы лодок, например, подводные крейсера. Между отдельными группами лодок должен был происходить обмен личным составом, и они должны были получать пополнения. Должна была существовать общая точка зрения по вопросу о техническом усовершенствовании лодок. Опыт отдельных командиров как в отношении качеств лодок, так и в области техники должен был становиться общим достоянием. Наконец, личный состав всех вновь вступавших в строй лодок, по крайней мере офицеры и унтер-офицеры, должен был большей частью пополняться из состава действующего флота.
По всем этим причинам начальник Адмирал-штаба фактически вступил в круг командующих, которые непосредственно участвовали в войне. Высшее же командование, указаниям которого следовало бы беспрекословно подчиняться, отсутствовало. В 1899 г. высшее командование от флота было отстранено, так как для целей постройки и развития флота существование двух правомочных и по большей части несогласованно действовавших инстанций представлялось излишним. Статс-секретарь фон Тирпиц полагал, что он только в том случае сможет проводить надлежащую политику, необходимую для дальнейшего развития усиленного строительства, флота, если эта политика полностью будет соответствовать его убеждениям. Но в результате последовавшего на этом основании [478] упразднения высшего военно-морского командования Адмирал-штаб хотя и не прекратил своего существования, но остался в тени, и при выборе его начальников по большей части не руководствовались тем, чтобы в случае войны на них можно было смотреть как на военачальников, пользующихся безоговорочным авторитетом, каким, например, пользуется командующий флотом.
С упразднением высшего военно-морского командования, командование флота стало претендовать на предоставление ему самостоятельности. Стратегическими вопросами оно в мирное время не занималось, и его деятельность полностью исчерпывалась развитием тактики и практическими упражнениями. Однако же заявлялось, что в военное время командующий флотом несет всю ответственность за правильное использование важнейших боевых единиц флота. В морской войне необходимо стремиться к нанесению уничтожающего удара неприятельскому флоту, и успех в значительной мере зависит от искусства командующего флотом. Он должен быть вполне уверен в умении управлять и владеть своим оружием — флотом. Как именно он приведет его к столкновению с неприятельским флотом, — это его дело. Ему нельзя назначать для этого ни места, ни времени. Ведь место нахождения и силы противника, в противоположность существующему на суше положению, на море не бывают известными.