В 1834 году М. М. Окунев участвует в составлении „Энциклопедического лексикона" (словаря), занимается переводом на русский язык работ английского инженера Блейка, а спустя два года им была написана первая книга „Опыт сочинения чертежей военных судов", имевшая большое практическое значение при проектировании кораблей.
В 1840 году М. М. Окунева по его просьбе перевели в Петербургский Гребной порт, где он уже как судостроитель-практик начал строить свое первое судно. В 1844 году, имея достаточный практический опыт, М. М. Окунев посетил почти все верфи Англии, занимавшиеся железным судостроением. В течение пяти последующих лет он построил четыре парусных транспорта водоизмещением от 250 до 350 т, одно лоцманское судно и пароход „Ординарец". В 1849 году М. М. Окунев первый в России приступил к строительству железного судна-бота для портовой службы в г. Николаеве, а чуть позже руководил сборкой доставленных из Англии железной баржи и дноуглубительной машины. В последующие два года М. М. Окунев являлся организатором постройки железных судов на Волге, а в 1854 году на Каспии, где руководил строительством пятнадцати паровых кораблей водоизмещением от 340 до 1100 т. В 1860 году М. М. Окунева назначают на должность судостроителя Петербургского порта. Через два года полковник М. М. Окунев по состоянию здоровья уходит в отставку и посвящает себя редакторской работе по вопросам развития железного и броненосного судостроения в „Морском сборнике". Этот период жизни М. М. Окунева отмечен как наиболее плодотворный в теоретических исследованиях в области судостроения, а начатая тогда же работа над четырехтомным учебником „Теория и практика кораблестроения" являла собой фундаментальный труд как по истории, так и по теоретическим вопросам судостроения того же периода. В 1869 году он завершил перевод на русский язык книги известного английского корабельного инженера Э. Рида „О броненосных судах", ставшей пятым томом вышеназванной работы. За год до этого М. М. Окунев вновь поступил на службу и был назначен на должность старшего судостроителя Петербургского порта, а чуть позже его избрали членом Кораблестроительного отделения МТК. Таким образом выбор М. М. Окунева строителем „монитора-крейсера" был неслучаен.
П. Д. Погорельский по приказанию Кораблестроительного департамента разработал первые правила приема металла для Адмиралтейства от подрядчиков. Затем в марте 1869 года М. М. Окунев составил новые "Правила приема железа от судостроения", согласно которым это вменялось в обязанности непосредственно строителю корабля, и он должен был строго следить за соблюдением всех статей.