С 1 июня по 1 октября 1903 г. броненосец прошел все плавания в составе Практической эскадры под командованием контр-адмирала Кригера. Затем корабль простоял в отряде вооруженного резерва, но уже под командой вице-адмирала Скрыдлова. С 25 февраля по 9 марта 1904 г. "Двенадцать Апостолов" находился в Алексеевском доке. За это время на нем успели заменить лишь бакаутовые подшипники. 1 мая корабль начал кампанию, но уже, скорее, как учебный корабль. На нем до 1 октября находились ученики одной из учебных команд Севастополя. Затем с 1 октября 1904 г. и до конца года – вновь служба в первой линии боевых кораблей.
С 1 по 8 апреля 1905 г. прошла очередная стоянка в доке – теперь для окраски подводной части.
Цусимская трагедия и поражение в русско-японской войне сразу принизили значение флота для Российской империи. По стране пронеслась Первая революция. Стоя с 21 мая 1905 г. по 1 января 1906 г. в вооруженном резерве, команда броненосца "Двенадцать Апостолов" активного участия в революции не принимала. После подавления восстания на "Потемкине", "Очакове" и в самой Севастопольской крепости на юге медленно стало воцаряться спокойствие. Россия опустилась во времена мрачной самодержавной инквизиции.
* Для сравнения, в 1899 г в германском флоте числились 17 адмиралов.
Исторический журнал Практической эскадры Черного моря за кампанию 1897 г.
Вследствие тревожного положения дел по поводу армянских беспорядков в Турции Практическая эскадра Черного моря под флагом вице-адмирала Дикова не кончила кампанию 15 октября, как предполагалось по программе, но, усилившись броненосцами "Три Святителя" и "Двенадцать Апостолов", минным транспортом "Буг", продолжила плавание, за исключением миноносцев, которые кончили кампанию для ремонта.
21 января вице-адмирал Диков спустил свой флаг и съехал с эскадры, получив другое назначение.
22 января в полночь Главный командир Черноморского флота и портов Черного моря вице-адмирал Николай Васильевич «опытов поднял свой флаг на броненосце "Синоп" и вступил в командование эскадрой Черного моря с Высочайшего соизволения от 20 января, сообщенным телеграммой Управляющего Морским министерством.
Состав эскадры:
– Эскадренный броненосец "Синоп" (командир капитан 1 ранга Невражин).
– Эскадренный броненосец "Екатерина II" (командир капитан 1 ранга Падалка).
– Эскадренный броненосец "Чесма" (командир капитан 1 ранга Ирецкий).
– Эскадренный броненосец "Георгий Победоносец" (командир капитан 1 ранга Кузьмич).
– Эскадренный броненосец "Три Святителя" (командир капитан 1 ранга Мартын).