Московская княжеская династия, идущая от младшего сына Александра Невского Даниила (умер в 1303 году), в конечном итоге объединила под своей властью все остальные русские земли, не отошедшие к Литве[424]. Но это не значит, что она оставалась единой — в ней тоже образовалось несколько удельных династий Рюриковичей. Политика централизации власти, проводимая московскими князьями, привела к переходу уделов в руки родственников великого князя, но не уничтожила саму удельную систему. Даже Иван III, присоединивший к Москве большую часть еще уцелевших русских княжеств — Тверь, Ярославль, Ростов, а также огромную Новгородскую землю, — формально разделил свои владения между сыновьями, хотя львиная их доля досталась наследнику Василию III. Он продолжил процесс централизации, в результате которого его сыну Ивану IV пришлось иметь дело только с одним удельным князем — его двоюродным братом Владимиром Старицким, который был казнен в годы опричного террора.
Принятие царского титула в корне изменило положение в роду Рюриковичей. Царь был главой всех своих подданных, в том числе и потомков бывших князей, а поскольку род московских Рюриковичей почти исчез, власть на Руси олицетворяла только семья самого Ивана Грозного. Опричнина покончила с последними отблесками удельного времени[425]. Борьба московских князей за лидерство, присоединение ими все новых и новых земель за счет уничтожения своих родственников, в том числе и ближайших представителей московского рода — потомков Калиты, имели и обратный результат. Московская династия стояла у грани полного вымирания, что в конечном итоге и произошло со смертью 6 января 1598 года единственного выжившего наследника Ивана IV — царя Федора Ивановича, не оставившего потомства.
В Смутное время один из потомков Рюрика, князь Василий Иванович Шуйский, сумел в 1606 году занять царский престол. Но он воспринимался уже не как наследник Рюрикова рода, а лишь как один из родовитых бояр, хотя и пытался апеллировать к своему древнему происхождению[426]. В 1610 году его свергли, и два года спустя он умер в польском плену. На Земском соборе 1613 года среди претендентов на царский титул были и Рюриковичи (князья Д. М. Пожарский и И. М. Воротынский), но избран был Михаил Федорович Романов, приходившийся двоюродным племянником Федору Ивановичу. Родство именно с последними царями московской династии оказалось важнее происхождения от одного с ними предка. Многочисленные Рюриковичи уже не мыслились членами правящего рода, они стали лишь подданными, а не равными царской семье, и в этом можно видеть причины их неудачи на Земском соборе и успеха «худородных» Романовых. Потомки Рюриковичей влились в состав российского дворянства. Многие известные княжеские и дворянские роды, такие как Одоевские, Оболенские, Волконские, Долгоруковы, Щербатовы, Горчаковы, Вяземские, Шаховские, Курбские, Гагарины, Кропоткины, Татищевы, Мусоргские и другие, происходили от разных ветвей Рюриковичей. Множество выдающихся деятелей политики, науки и культуры — такие как С. Ю. Витте и П. А. Столыпин, А. С. Пушкин и Л. Н. Толстой, В. В. Набоков и И. М. Сеченов — являлись потомками Рюрика по женским линиям.