Но, несмотря на тяжелейшие повреждения, команда линкора сразу же начала борьбу за спасение корабля, а точнее, того, что от него осталось. Затопив несколько помещений левого борта, удалось немного выровнять крен, полному спрямлению «Марата» мешала лежащая на грунте носовая часть. Попытка поднять пар в уцелевших котельных отделениях не увенчалась успехом: из-за поступления воды не удалось разжечь топки котлов. Действовало только аварийное освещение, использование водоотливных и противопожарных средств было невозможным.
В тяжелейших условиях, при свете ручных фонарей экипаж корабля, борясь с затоплением, пытался конопатить швы и ставить подпоры. Но усилия моряков оказались тщетными: быстро распространяясь по корпусу, вода скрывала места пробоин и заливала отсек за отсеком на нижней палубе. «Марат» сел кормовой частью на грунт, благо глубина в этом месте не превышала 11 метров. После двухчасовой борьбы за живучесть корабля команде был отдан приказ покинуть «Марат»: на линкоре погасло аварийное освещение. Остались лишь расчёты зенитных орудий, установленных на четвёртой башне главного калибра, они отражали налёты вражеской авиации на Кронштадт.
К вечеру 23 сентября на изувеченном корабле организовали подачу электроэнергии с берега, и часть экипажа, вернувшись, продолжила борьбу за живучесть. Но, несмотря на все усилия, утром 24 сентября «Марат» окончательно лёг на грунт.
К концу сентября немецкие войска подошли вплотную к Ленинграду. Город-крепость оказался в блокадном кольце. В этих условиях было решено использовать «Марат» в качестве мощной плавучей батареи, тем более что третья и четвёртая башни главного калибра линкора не пострадали. Началась откачка воды из отсеков и помещений корабля с помощью водоотливных средств нескольких спасательных судов. Приобретя положительную плавучесть, «Марат» всплыл с дифферентом на нос и креном на правый борт. Последнее объяснялось тем, что лежащая на грунте носовая часть играла роль мёртвого якоря, жёстко связанного с корпусом линкора. Месяц спустя кормовая часть «Марата» была частично осушена и отремонтирована, ввели в строй оставшиеся башни главного калибра.
Уже 31 октября орудия открыли огонь по немецким позициям на южном побережье Финского залива. До конца года артиллерия линкора уничтожила 18 и подавила 87 вражеских батарей, сбила 6 немецких «стервятников». Из-за острого дефицита топлива работы по осушению и восстановлению второй башни главного калибра были перенесены на лето 1942 года.
Несмотря на свою неподвижность, линкор активно участвовал в обороне города. Прикрывая огнём орудий караваны судов из Кронштадта в Ленинград и обратно, вёл контрбатарейную борьбу. Немцы тоже не дремали и неоднократно обстреливали «Марат». 12 декабря 1941 года из 23 выпущенных по кораблю крупнокалиберных снарядов три достигли цели, причём два из них пробили верхнюю палубу и взорвались во внутренних помещениях. Стало ясно, что толщина горизонтального бронирования недостаточна, поэтому были форсированы работы по укладке на верхней палубе линкора гранитных плит с кронштадтской набережной. Эти работы ещё не успели закончить, когда 28 декабря в «Марат» попало два снаряда. Один из них едва не привёл к новой катастрофе: пройдя навылет через артиллерийские погреба третьей башни главного калибра, снаряд по счастливой случайности не разорвался. И всё же усиленная «гранитная» палуба успешно выполнила своё предназначение: несмотря на то что до конца 1943 года линкор «принял» ещё несколько крупнокалиберных снарядов, серьёзных повреждений он больше не получил.