И в течение этого времени Эльзер готовился днём и ночью: воровал взрывчатку из оружейной мастерской, где работал, а затем проверял её в саду своего дяди. В августе 1939 года он поселился в Мюнхене. Соблюдая осторожность, Эльзер за три месяца четыре раза менял квартиру. Взрывчатку он перевозил в большом чемодане, а часовой механизм изготовлял из часовой фурнитуры в мастерских слесаря, механика и столяра.
На допросах Эльзер ничего не скрывал и откровенно рассказывал следователям обо всём. Следователи были поражены: столяр смог самостоятельно изготовить взрывчатое устройство с двумя детонаторами — замедленного действия и электрическим. Нишу в колонне Эльзер начал готовить с начала октября. Вечером он приходил с чемоданом в пивную, перед закрытием шёл в туалетную комнату, а затем работал всю ночь. Мусор Эльзер выносил в чемодане и бросал в реку. На изготовление ниши для бомбы у Эльзера ушло тридцать пять ночей. В ночь с 5 на 6 ноября он установил взрывной механизм с тем расчётом, чтобы взрыв произошёл восьмого числа между 21.15 и 21.30. В ночь с 7 на 8 ноября Эльзер последний раз проверил механизм и утром дня покушения сел в поезд на Кёльн — город, который он заранее наметил для перехода границы.
Оказавшись в 20.30 около таможенного поста, Эльзер слушает по радиотрансляцию речи фюрера. Вот-вот прозвучит взрыв! Все узнают, что Гитлер мёртв, и мир вздохнёт спокойно. Благоразумие подсказывало швабу, что надо быстрее переходить в Швейцарию. Но Эльзер стоял как заворожённый — он хотел дослушать речь до конца. Вдруг его схватил сзади какой-то таможенник, которому поведение Эльзера показалось подозрительным. Но зачем же Эльзер взял с собой часть детонатора и почтовую открытку? — задали вопрос следователи. «С целью просить политического убежища», — ответил допрашиваемый. Он рассчитывал, что детонатор и открытка с видом зала «Бюргербройкеллер» помогут ему.
Тем временем Небе продолжали одолевать сомнения. Следствие обнаружило, что Эльзер не был ни коммунистом, ни социалистом, ни анархистом. Он продолжал твердить, что хотел спасти мир от войны. Но как любитель мог изготовить столь точное взрывное устройство? Как мог один человек осуществить всю эту операцию? И всё-таки кто такой Эльзер — одиночка или орудие группы заговорщиков?
В конце концов по приказу фюрера Небе передал дело Эльзера шефу гестапо Мюллеру. Гитлер по-прежнему был уверен, что покушением руководила «Интеллидженс сервис» и что Эльзер связан с арестованными в Голландии британскими агентами Бестом и Стивенсом. Газеты сообщали о причастности к террористическому акту Отто Штрассера, основателя «Чёрного фронта» (организации, оппозиционной Гитлеру). Скрывавшийся в Швейцарии Штрассер отверг обвинение относительно своей связи с Эльзером.