В походах и битвах накапливался полководческий опыт. Хмельницкий становился умелым руководителем не всегда послушной казачьей вольницы. Король удостоил его звания генерального писаря (входил в состав «генеральной старшины»). Держался он с достоинством, часто наезжал в Варшаву по делам и будто не видел, что происходит вокруг….
А вокруг шла война, порождённая Брест-ской церковной унией. Война необъявленная, коварная и жестокая. Согласно унии, православная церковь на Украине и Белоруссии, сохранив обрядность, перешла в подчинение папе римскому. И без того достаточно ощутимые гонения на православных стали узаконенными, что вызывало возмущение со стороны украинского населения. Взаимная ненависть и кровавые столкновения стали едва ли не обыденными явлениями. Всё это будто и не касалось генерального писаря, пока гонения на «схизматиков» не коснулись его лично.
Зачастую в истории личные обиды приводят к правильному решению – бороться за справедливость для всех. Так случилось и с Хмельницким. До этого его всё устраивало, а когда коснулось лично…
Его хутор Субботово подарили ещё его отцу, но дарственной грамоты при этом не оформили. Прошло четверть века, и обнаружилось, что Зиновий владеет хутором незаконно. Этим воспользовался один крупный польский чиновник. В отсутствие хозяина (уже тогда существовало «рейдерство») он ворвался с солдатами в дом, разграбил его, а когда десятилетний сын Хмельницкого сказал что-то дерзкое, засёк его до смерти.
Хмельницкий, сам в чинах немалых, подал на грабителя в суд и проиграл дело. Обиженный, разгневанный, жаждущий мщения генеральный писарь уходит на Сечь – главный форпост казачества. С этого момента и начинается то, что во всех учебниках называют национально-освободительным движением украинского народа под руководством Богдана Хмельницкого. Позднее сам гетман признается, что «воевал за свою собственную обиду», но по мере того как движение ширилось и нарастало, стал сражаться за православную веру, за то, чтобы выбить из «ляцкой» неволи украинский народ.
Воспитанный на всём польском, Хмельницкий поначалу и не мыслил идти на разрыв с Речью Посполитой. Начиная борьбу, которая продолжалась без малого шесть лет (1647-1654), он считал её делом внутригосударственным. После первых же громких побед над ясновельможными панами он писал Яну-Казимиру: «Я с войском Запорожским при избрании вашем и теперь желаю, чтобы вы были могущественным королём». Заключая первый (Зборовский) мир (1649) и получив официальное признание собственного гетманства, он добился некоторых привилегий только для реестровых казаков. Главная же масса казачества, что составляла гетманское войско, в основном крестьяне, должна была вернуться под прежний гнёт панства. Это был первый удар по авторитету Хмельницкого – народ видел в нём теперь деспота не лучше короля и панов.