4 ноября к великокняжескому войску присоединились тверские полки во главе с воеводой князем Михаилом Федоровичем Микулинским; они были поставлены во втором эшелоне вслед за полком великого князя. Наконец, 8 ноября «на стану в Еглине» великий князь принял новгородских гонцов об «опасе», которых от самого Торжка три недели возили за ним. В своем обращении к нему гонцы «назвали великого князя государем», что особенно подчеркивает московский летописец. И великий князь «пожаловал, опас дал и свою опасную грамоту», чтобы «владыце и послом Новгородским приехати к себе и бити челом и отъехати добровольно». Первый шаг для переговоров с новгородскими властями был сделан.
19 ноября «на стану» в Палинах великого князя встретили новгородские бояре Иван Васильевич Микифоров и Лука Клементьев. Московская летопись не говорит о целях их приезда — били ли они челом в службу, по примеру своих предшественников, или являлись официальными новгородскими послами. Разрядная книга пространной редакции, приводя текст, аналогичный летописному, о приезде этих бояр в отличие от летописи добавляет: «…а сказали, что наугородцы не хотят здати Новогорода». Во всяком случае, «на том же стану на Палинах князь велики полки уряди, учинил, которому где быти». Подробное «уряжение» отразилось и в летописи, и (впервые!) в дошедших до нас разрядных книгах>14. Изготовленные к походу и бою войска были разделены на полки: Передовой, Правой руки, Левой руки и собственный великокняжеский (Большой). Во главе каждого полка были поставлены воеводы и перечислены первичные территориальные отряды (всего 27), причем впервые упомянуты новоторжцы — жители бывшей Новгородской волости. Эти первичные отряды по одному или группами объединялись под командой воевод, подчиненных соответствующим полковым воеводам. Перед нами трехступенчатая организация: территориальный отряд — группа их — полк. Созданные таким образом «полки» — высшие тактические единицы и одновременно основные составные части походно-боевого порядка русского войска.
Со стана в Палинах началось движение войск непосредственно под Новгород. Ближайшая задача, поставленная перед войсками, — «Городище и монастыри отнимати, чтобы не пожгли». По данным Псковской летописи, эта задача была возложена на конные татарские отряды царевича Данияра: московское командование учитывало опыт кампании 1471 г., когда новгородцы пожгли все посады вокруг своего города, в том числе Городище, Антоньев и Юрьев монастыри. На этот раз им этого сделать не удалось: «изгонная рать» захватила посады и монастыри, не дав их «ожечи».