Хрущев, исподволь готовившийся к прыжку к высшей власти, подыгрывал в этом вопросе Лаврентию Павловичу: дело Рюмина — Игнатьева позволяло ему, во-первых, ослабить председателя Совмина, во-вторых, рассорить Берию и Маленкова, обратив последнего в своего союзника.
Но «копание» в политических делах конца 40-х — начала 50-х годов задевало и Хрущева, который с декабря 1949 года как секретарь ЦК был вынужден заниматься персональными делами высокопоставленных коммунистов, в том числе и «ленинградской группы». Потому промедление в интриге против Берии было смерти подобно не только для Маленкова, но и для Хрущева.
К лету 1953 года у секретаря ЦК КПСС Никиты Хрущева, ставшего в Президиуме ЦК главным выразителем интересов номенклатурных партийных работников, накопилось к «другу Лаврентию» немало вопросов. Он задал их ему на пленуме ЦК 2–7 июля, посвященном обсуждению вопроса «О преступных антипартийных и антигосударственных действиях Берия». Лаврентий Павлович обвинялся в попытке ограничить функции партийных комитетов решением кадровых вопросов и идеологической работой, поколебать сам принцип партийного руководства. Это, заявил Хрущев, исходило из сознания Берии, что «роль партии должна отойти на второй план».
Никита Сергеевич так преподнес членам ЦК взгляды Берии на роль партии: «Что ЦК? Пусть Совмин все решает, а ЦК пусть занимается кадрами и пропагандой». Значит, сделал вывод Хрущев, «Берия исключает руководящую роль партии, ограничивает ее роль работой с кадрами (и то, видимо, на первых порах) и пропагандой. Разве это марксистско-ленинский взгляд на партию? Разве так учили нас Ленин и Сталин относиться к партии»?
Раздражение аппарата ЦК вызывало и то, что наиболее важные вопросы политики, в том числе и внешней, «под давлением Берии» стали обсуждаться на заседаниях Президиума Совмина, а не Президиума ЦК. Решения последнего теперь подписывались не «старшим» секретарем ЦК, каковым был Сталин, а просто — «Президиум ЦК КПСС». На заседаниях Президиума ЦК председательствовал Маленков как глава исполнительной власти. Хрущеву же поручалось только вести заседания Секретариата ЦК. В этом партфункционерам виделась опасная тенденция разделения партийной и государственной «ветвей» власти, что было чревато ослаблением их позиций на советском Олимпе.
Наконец, партийный аппарат возмущала фактическая неподконтрольность региональных структур МВД, их попытки отслеживать деятельность партработников, вмешиваться в их работу. Берия настоял на кадровых перестановках в западных советских республиках, выдвижении национальных кадров — вместо присланных из Москвы работников, не знавших местной специфики. Лишился поста первого секретаря ЦК КП Украины Л. Мельников, 6 июня его освободили и от обязанностей кандидата в члены Президиума ЦК КПСС. Встал вопрос о замене первого секретаря ЦК КП Белоруссии Н. Патоличева.