Действуя столь энергичными мерами, Духонин наглядно демонстрировал генералам, что не потерпит никакого тихого саботажа или простого несогласия с генеральными идеями Ставки. Обиженный этим решением Кутепов сдал свой пост Миллеру 23 октября и отправился к своему новому месту службы.
Обрадованный поддержкой со стороны Ставки, Миллер рьяно приступил к решению вопроса. Не дожидаясь прибытия осадных орудий; генерал начал формировать в частях, специальные штурмовые группы, на плечи которых должна была лечь вся тяжесть первого удара по кенигсбергским укреплениям. Весь личный состав этих групп предполагалось оснастить автоматами Федорова, гранатами, ручными пулеметами, а так же ранцевыми огнеметами. Согласно замыслу генерала, они должны были взломать немецкую оборону и ворваться в город, впереди наступающих частей.
Воплощая в жизнь прежний опыт взятия вражеских позиций, Миллер приказал проводить ежедневную авиаразведку укреплений Кенигсберга, и все полученные данные тщательно наносились на специальный планшет в штабе командующего. Столицу Пруссии окружало три линии обороны. Внутренняя линия обороны состоящая из самих крепостных стен и башен, средняя линия фортов и линия внешнего полевого обвода. Последняя линия обороны, представляла собой систему траншей и окопов, которую немецкие саперы успели возвести перед самым приходом русских и спешно достраивавшие её каждый день.
Стремясь не допустить усиления вражеской обороны, русские проводили ежедневный обстрел позиций противника из полевых орудий, тем самым всячески мешая фортификационным работам немцев. Одновременно охотники часто беспокоили неприятеля своими ночными вылазками на его передние траншеи.
К назначенному Миллером сроку 7 ноября, все штурмовые приготовления завершились, но из-за разности ширины железнодорожного полотна и малого количества трофейных паровозов, русские никак не успевали подвезти к городу осадные орудия больших калибров. Осенняя распутица полностью исключила подвоз их по земле, внося свои коррективы в наступательные планы генерала Миллера.
Впрочем, Евгений Карлович не исключал подобное развитие событий и держал про запас, один гадкий, но довольно сильный козырь. Переговорив 6 ноября по телеграфу с Духониным и получив добро, Миллер связался с начальником тыла фронта полковником Рябушинским и уже к вечеру 8 ноября, под Кенигсберг было доставлено трофейное оружие, захваченное русскими войсками во время летнего наступления.
Это были баллоны с хлором, огромное количество которых немцы хранили в Бресте для возможного применения их против русских войск. Все они были обнаружены на одном из армейских сладов, которые противник не успел вывезти, из-за поспешного бегства. Миллер знал об их существовании и теперь хотел применить это грязное оружие против самих создателей.