Постепенно автор всматривается в толпу разбойников и убийц, и мрачные картины первых глав уступают место образам, написанным иными красками «Люди везде люди. И в каторге между разбойниками я, в четыре года, отличил наконец людей», — писал Достоевский брату в письме от 30 января — 22 февраля 1854 г. Глава «Представление» опровергает мысль о природной, биологической предрасположенности человека к преступлению. Он — «несчастный» (как называет преступника народ), а не прирожденный злодей и убийца. Позволили людям пожить не «по-острожному» — и человек нравственно меняется.
Во второй части возникает и тема наказания. В «Записках» наказание понимается только как внешнее, юридическое, а не внутреннее, нравственное наказание. Писателя волнует жестокость, бессмысленность наказания, вопрос о соразмерности наказания и вины преступника. Мотив добровольного страдания, идущий из раскола, также впервые звучит в творчестве Достоевского в «Записках из Мертвого дома» — в рассказах о старике старообрядце, у которого «было свое спасение, свой выход: молитва и идея о мученичестве», и об арестанте, начитавшемся Библии и решившем убить майора, чтобы найти «себе исход в добровольном, почти искусственном мученичестве». Одно из основных требований «бегунов» — «принять страдание» — Достоевский распространял впоследствии на весь русский народ, жаждавший страдания «искони веков» («Дневник писателя». 1873. Гл. V. «Влас»). Арестант, кинувшийся с оружием на начальство и «принявший страдание», появляется вновь в «Преступлении и наказании», где идея страдания, которым все очищается, станет одной из главенствующих. В «Записках» же «добровольное страдание» рассматривается лишь как форма протеста личности, доведенной до отчаяния.
Рассказчик «Записок» стремится проникнуть в психологию не только I жертвы, но и палача, задается вопросом о возникновении палачества. Оно трактуется писателем в этико-философском смысле. «Свойства палача в зародыше находятся почти в каждом современном человеке», — утверждает Достоевский. «Но не равно развиваются звериные свойства человека», — добавляет он и рассматривает два рода палачей — подневольных и добровольных. И плац-майор, ставший палачом по велению «закона», как ярый его блюститель, и экзекутор Жеребятников, своего рода «утонченнейший гастроном в исполнительном деле» — оба являются подтверждением того, что палачом делаются. «Трудно представить, до чего можно исказить природу человеческую», — заключает писатель.
Тема «воли» возникает в первой главе «Записок». Она переплетается с темой денег. Без денег нет могущества и свободы. Размышления об этом Достоевский продолжит в «Зимних заметках о летних впечатлениях» («Дает ли свобода каждому по миллиону? Нет. Что такое человек без миллиона?..» — наст. изд. Т. 4), а затем и в своих романах («ротшильдовская» идея и тема независимости героя, в «Подростке» например). Романтизация «воли», которая кажется обитателям острога вольнее, чем есть на самом деле, приводит к побегам, бродяжничеству. Напоминанием о порыве к свободе, живущем в душе каждого арестанта, являются главы «Каторжные животные» и «Летняя пора». Природа символизирует здесь единение человека с общей жизнью, рассматривается как предвестница «воли». Символом живой жизни становится орел, выпускаемый на волю; история его осмысляется глубоко трагически и многозначно.