Он разрабатывал проекты университетской реформы, предлагал уничтожить мундир, устранить полицейский надзор за студентами, а главное — сделать свободным вход в университет. По проекту Пирогова крестьян следовало принимать в университет без экзаменов. Царь узнал о проекте, вспыхнул, долго не мог успокоиться. За обедом раздраженно швырнул на стол салфетку: «Тогда будет столько же университетов, сколько кабаков!» Приближенные сокрушенно кивали головами: ох уж этот Пирогов!
Осенью 1859 года на Подоле в Киеве открылась первая воскресная школа. Пирогов докладывал министру: студенты-де «в видах человеколюбия» пожелали бесплатно обучать ремесленников и «другого рабочего класса людей». Пирогов хитрил: вроде бы спрашивал разрешения, но докладывал, когда школа уже открылась.
Учиться шли дети и взрослые. С первого дня школа была битком набита. Преподавали не только студенты — педагоги, офицеры, литераторы, профессора. Пирогов писал: «Учителя одушевлены рвением учить, ученики — охотою учиться».
Пожалуй, ни одна идея Пирогова не рванулась так стремительно вширь. Воскресные школы росли как грибы. В Петербурге и Москве, в Саратове и Пскове, даже в далеком Троицкосавске Кяхтинского градоначальства. За год в тридцати городах открылось шестьдесят восемь школ. За три года — триста.
Воскресными школами в Киеве руководил по просьбе Пирогова профессор Платон Васильевич Павлов. Позже Павлов поддерживал такие школы в Петербурге и за публичную речь угодил из столицы в тихий лесной городок Ветлугу.
Профессора Пирогов и Павлов видели в воскресных школах средство просвещения народа. Некоторые из студентов-учителей видели в воскресных школах место политической агитации. Митрофан Муравский и его товарищи тоже там преподавали. В письме к Муравскому один из друзей радуется: «Ура! Ура! Митрофан Данилович! Поздравляю с открытием вечерних школ! Душевно рад, что вы у брега!»
Попечитель знал об «эксцентричности» (он так хотел это называть) тех «личностей, которым воскресные школы обязаны своим учреждением», однако считал, что просвещению народа это не помешает. Генерал-губернатор, не знакомый с Муравским и не читавший его переписки, тем не менее предлагал «установить строгий надзор за воскресными школами, чтобы обучение в них соответствовало желаниям и видам правительства». Князю Васильчикову нельзя отказать в известной прозорливости. Пирогов опять-таки объективно способствовал революционному делу.
Дуэль Пирогова с генерал-губернатором велась своеобразно. Из Киева в Петербург тянулись два параллельных потока писем. Князь пугал неблагонадежностью воскресных школ. Пирогов отстаивал их просветительную роль. Министр народного просвещения Ковалевский Евграф Петрович был не из решительных, да и что он мог предпринять — ждал царской воли. Царь был против всяких школ для народа, кроме духовных. И против Пирогова. Он счел за благо и школы закрыть и Пирогова уволить.