В ноябре 1825 года почил в бозе император Александр I. Москва присягала Константину. Студентов посылали присягать в университетский приход Георгия на Красной горке. 16 декабря в Москву сломя голову прискакал в открытых санях гонец. Привез весть о подавлении восстания на Сенатской площади, приказ присягать новому императору — Николаю. В столице началось следствие. Людей, подозреваемых в заговоре, арестовывали и в Петербурге и в Москве. С Кавказа обратно в Петербург провезли через Москву арестованного Грибоедова. Фамусовы, скалозубы и молчалины блаженствовали на свете.
На университет смотрели косо. В списках бывших университетских воспитанников и в списках участников восстания было много одних и тех же имен. В коридорах и студенческих комнатах говорили теперь шепотом. Писарев свирепствовал, добиваясь строгости, подчиненности и единообразия. Требовал, чтобы при виде его студенты вытягивались «смирно» и кричали разом, по-военному: «Здравия желаем!» Сочинял проект нового университетского устава, в коем утверждал, что «чинопочитание — первый шаг к порядку и устройству» и что надобна в учебных заведениях «бдительная полиция», дабы «поветрие умов тем прекратить».
В июле 1826 года в Петербурге повесили пятерых руководителей восстания. В Москве били в колокола, палили из пушек. Встречали царя. Николай I приехал в древнюю столицу на коронацию.
Университет готовился к императорскому визиту. Попечитель, стремясь блеснуть, писал бесконечные подробнейшие формуляры: о швейцарах, о зажигании и тушении фонарей, о «запирании и отворянии» ворот, даже о сквозном ветре. Боялся, что царь явится неожиданно, и посему решил ввести дежурства профессоров. Хирург Гильдебрандт дежурить отказался. Подал рапорт: занят по службе и лечением больных, в делах, не относящихся к науке, неопытен. Писарев умолял министра выразить непокорному профессору «высоконачальническое негодование»; не доверяя более «досужным энциклопедистам», все вечера дежурил сам. И дождался. Царь заглянул в аудитории, проверил, единообразно ли застланы постели в студенческих комнатах, и приказал попечителю направить инспектора в Петербург «для изучения устройства в тамошних военных учебных заведениях».
Но знакомство Николая с «крамольным» университетом началось не визитом. Государю был подан донос, именуемый «О Московском университете». Автор доноса, отставной полковник Бибиков, писал: «Профессоры знакомят юношей с пагубной философией нынешнего века, дают полную свободу их пылким страстям и способ заражать умы младших их сотоварищей. Вследствие таковой необузданности к несчастью общему видим мы, что сии воспитанники не уважают закона, не почитают своих родителей и не признают над собой никакой власти». Как пример вольнодумия полковник привел отрывки из поэмы Полежаева «Сашка».