Пирогов увлеченно читал «Исповедь» Жан-Жака Руссо, быть может, откровеннейшую из исповедей. «Я хочу показать людям человека во всей его неприкрашенной правде, — писал Руссо, — и этот человек — я сам». Только жестокосердный, утверждал Пирогов, станет смеяться над добровольной исповедью ближнего. Только невежда стает обвинять в невежестве человека, открыто признавшего свою ошибку. Порой восхищаются ловкостью и аплодируют хитрости. Уважают — честность.
Честная исповедь — всегда мужество, в медицине — вдвойне. Врач, признавший грубую ошибку, по существу, публично обвиняет себя в убийстве или нанесении увечья. Открытые исповеди врачей никогда не были в моде. Пирогов видел, как знаменитости не допускают коллег в свои клиники, подтасовывают факты, затемняют истину, отвергая обвинения и подыскивая оправдания. Знаменитости были учителями, потому лгали дважды — перед настоящим и перед будущим. Они отдавали свои ошибки ученикам.
«Видев все это, я положил себе за правило, при первом моем вступлении на кафедру, ничего не скрывать от моих учеников, и если не сейчас же, то потом, и немедля, открывать перед ними сделанную мною ошибку — будет ли она в диагнозе или в лечении болезни». Молодой профессор Пирогов начал с того, что объявил главным девизом своей деятельности абсолютную научную честность. Этот девиз он пронес через всю жизнь. Через два десятилетия он подводил итоги: «От прошлого осталось ненарушимым только одно направление, состоящее в откровенном обнаруживании успеха и неуспеха в практике. С этим направлением я начал врачебное поприще, с ним и окончу».
В 1837 году — на втором году профессуры — Пирогов выпустил первый том «Анналов хирургического отделения клиники императорского университета в Дерпте». В 1839 году вышел в свет еще один том.
«Анналы» — это собрание историй болезни, распределенных по разделам в зависимости от характера заболевания. Подробные, тщательные описания сопровождаются статьями-обобщениями, хроника перемежается размышлениями, заметками, выводами.
В двух предисловиях Пирогов просит прощения у Горация. Римский поэт Квинт Гораций Флакк советовал: «…Лет на девять спрячь ты, что написал: пока не издашь — переделывать ловко, а всенародно заявленных слов ничем не воротишь». Пирогов объясняет, почему не может следовать совету мудрого римлянина. Молодой профессор не в силах ждать, он обязан скорее обнародовать свои ошибки, чтобы предостеречь от таких же ошибок других людей, менее сведущих. Промахи не постыдны — они неизбежны. Не тот должен стыдиться, кто ошибается, а тот, кто не признает ошибок, ловчит, затемняет истину.