Трагическая история Сочинского вдруг повернула судьбу Пирогова. Академию в целях поддержания в ней должной дисциплины передали в военное ведомство и поставили под команду генерала Клейнмихеля, начальника штаба военных поселений, выученика и сподвижника Аракчеева. Новый начальник пожелал иметь новых преподавателей. Он «позвал варягов» — на вакантные места пригласил профессоров со стороны. Случайно генерал принес академии пользу — на одну из кафедр хирургии был приглашен Пирогов. Кандидатуру Пирогова предложил профессор терапии Карл Карлович Зейдлиц, воспитанник Дерптского университета, приятель Жуковского и Мойера.
Пирогов не перебрался бы в Петербург лишь ради того, чтобы жить в столице. Ему надо было жить в науке. Он не видел развития науки вне клиники, он не мог удовлетворяться абстрактными истинами теории. Он говорил, что всякий больной для врача — одновременно повторение пройденного и нечто совершенно новое. Общие сведения, на основании которых распознается болезнь и назначается лечение, дополняются и углубляются каждым индивидуальным случаем: «Медицина все более совершенствуется у постели больного». Поэтому ему не нужна была кафедра без клиники. Даже в Петербурге. При кафедре, которую ему предлагали, клиники не было. И он отказался.
Но тут же внес контрпроект: преобразовать находившийся рядом с академией 2-й Военно-сухопутный госпиталь в госпитальную клинику и передать кафедре. Он доказывал, что приближение практики к академии улучшит преподавание, подготовку врачей, а приближение теории к клинике усовершенствует лечение больных. Будущий врач должен видеть и «массу одинаковых болезненных случаев» и «индивидуальные их отклонения»; «…телу наших больниц недостает еще тесных связей с душой — наукой».
Проект приняли. Оставалось дело за малым: передать самого профессора Пирогова из ведомства министра Уварова в ведомство генерала Клейнмихеля. Переписка тянулась год. Каждый из вельмож, отстаивая свое право на Пирогова, боролся за удовлетворение собственной прихоти. Паны дрались, у холопа трещал чуб. Пирогова довели до нервных припадков.
Как обычно, он лечился работой. В 1840 году вышла его монография «О перерезке ахиллова сухожилия в качестве оперативно-ортопедического лечебного средства». Пирогов провел больше восьмидесяти опытов, подробно изучил анатомическое строение сухожилия и процесс его сращения после перерезки. Операцию эту он применял для лечения косолапости.
Миф рассказывает, что на теле героя Ахилла было лишь одно уязвимое место — пята. В эту пяту и направил стрелу из лука бог Аполлон. Боги целили в ахиллесову пяту смертоносным острием оружия. Профессор Пирогов — своим целебным ножом. За пять лет он помог сорока больным.