Художник расположил своих персонажей перед зияющим входом в грот, который, согласно писанию, чудесным образом возник, чтобы укрыть Святую Деву и Христа от слуг Ирода, повелевшего перебить всех младенцев. Мария — юная девушка с нежной кожей и вьющимися волосами — опустила глаза на младенца Иоанна Крестителя, который молитвенным жестом протягивал руки к Христу. Младенец Христос, сидящий рядом с архангелом Уриэлем, двумя пальцами указывал на Иоанна. Уриэль был облачен в роскошное красно-зеленое одеяние и более походил на женщину, чем на мужчину. Длинным худощавым пальцем архангел указывал на Иоанна Крестителя, равнодушно глядя куда-то перед собой. Изабелла тотчас же узнала продолговатые черты Цецилии, ее проницательные, но добрые глаза, дерзкий рисунок носа. Художник словно вернул время вспять, возвратив Цецилии ангелоподобный облик. Компания сидела на каменистой земле под прикрытием роскошного плаща Марии из синего бархата. Почему Уриэль показывает на Иоанна Крестителя, а не на Христа, словно избран именно Иоанн? Эти странные жесты заставляли любого, кто смотрел на картину, гадать, какой скрытый смысл в них заключен? Иоанн, Иисус и Уриэль словно затеяли спор: «Ты! Нет, ты. Нет, ты. А я говорю, ты».
Пейзаж оставлял гнетущее впечатление. Леонардо не стал помещать своих персонажей в узнаваемый земной ландшафт, используя, согласно итальянской живописной моде, тосканский пейзаж. Не захотел он изображать и ландшафт небесный. Четверо сидели перед громадными высокими скалами, отступавшими перед входом в грот. Почему эти мирные фигуры были вписаны в столь унылый, пустынный пейзаж? Наверное, Леонардо хотел создать ощущение опасности, исходящей от преследователей. Отступив назад, Изабелла заметила, что фигуры случайно или намеренно образуют подобие креста. В голову Изабелле лезли мысли о еретичности картины. Леонардо не боялся выражать свои опасные идеи в искусстве. Художника мало заботило, как велит изображать святых церковный канон. Неудивительно, что монахи решили с ним судиться. Где символы божественной власти, призванные прославлять Христа и Марию? Если забыть о странных жестах персонажей, картина поражала, прежде всего, простотой, как и беззубая Мадонна в мастерской художника.
Изабелла понимала, почему доминиканцы не тронули алтарь. Живопись Леонардо поражала недостижимым совершенством. Глядя на картину, Изабелла словно видела сон наяву. Она знала, что над алтарем, кроме Леонардо, работали братья Предис. Амброджо был живописцем, а Еванджелисто отвечал за дерево и золочение рам. Теперь Изабелла разглядывала работу братьев. По обе стороны от центральной части алтаря располагались фигуры длинноволосых ангелов, исполняющих небесную музыку. Ангелы являли собой расхожее представление о Божественном и совершенно не сочетались с возвышенным изображением посередине.