Избрание его папой соответствовало условиям той эпохи — за единогласным голосованием скрывались интриги, угрозы, подкуп, симония. Шестидесятилетний в то время Александр VI, обладавший блестящими человеческими качествами и считавший, что ему все дозволено, стал образцом монархов эпохи Возрождения. Хотя Борджа были по происхождению испанцами, при нем на конклаве верх одержала профранцузская миланская партия. Александр VI все подчинял политике; его политической целью было утверждение в Италии власти клана Борджа. По представлениям Александра VI, папство было всего лишь значительным итальянским княжеством.
Неотъемлемым условием мирового господства пап, превращения их государства в подлинное государство было создание папских вооруженных сил. Это тоже восходит ко времени правления «ренессансовых» пап. Истинным создателем папской наемной армии был Александр VI, а точнее, ее полководец, сын папы — кардинал Чезаре Борджа. Папские наемники вербовались в первую очередь из швейцарских кантонов.
Александр VI сначала упрочил свою власть в Папском государстве. Первым его делом было укрепление общественной безопасности, пошатнувшейся при его предшественниках. Мелких государей, находившихся на территории Церковного государства, как непослушных его вассалов, изгнали, или уничтожили, или сломили. В самом Риме также подавили, а потом ликвидировали две противостоящие друг другу партии — гвельфов Орсини и гибеллинов Колонна. Церковное государство первоначально тоже было объединением городских территорий; каждый город располагал известной самостоятельностью, но в конце средневековья здесь также возобладал папский абсолютизм. Начиная с середины XV века уже не было случаев, чтобы папа вынужден был бежать из Рима, спасаясь от народного бунта. Центральный государственный аппарат вырос в огромную махину, паразитируя на доходах, стекавшихся со всего христианского мира и с Церковного государства. Он стал армией дармоедов, а не государственно-административной организацией, которая со знанием дела осуществляла бы бюрократическо-чиновничью службу. Учреждения были продажны (для этого ведь не нужно было знание дела); по существу, создание новых учреждений и ведомств было не чем иным, как формой получения государственного займа.
Дальней перспективной целью Борджа было реальное овладение Церковным государством как наследным итальянским королевством. Пока это не удавалось еще ни одному выдвигавшему пап крупному семейному клану. К достижению итальянской гегемонии папа Александр VI стремился через своего сына-первенца Чезаре. А Чезаре Борджа мог стать монархом по образцу «Государя» Макиавелли, поскольку он был действительно первым современным политиком, который смотрел на политику с позиций полной нравственной вседозволенности. Вслед за Ранке историография считает Чезаре «виртуозом преступлений», который расправился не только со своими союзниками и противниками, но также и со своими братьями. Самый младший сын Александра VI, Джованни, был убит по приказу Чезаре наемными убийцами. Непоты рвущегося ко все большей власти клана Борджа заняли место креатур предшествующего папы — Ровере. Чезаре изгнал из Имолы вдову Риарио. В то же время Лукреция Борджа стала герцогиней Феррары.