Александр VI, Чезаре и Лукреция Борджа не только устраняли с пути своих противников, но и приказывали убить, одного за другими, тех, чье состояние или доходы они хотели заполучить. Освобождавшиеся таким путем бенефиции они либо оставляли не занятыми — доходы с них доставались папе, либо же за замещение бенефициев требовали огромные суммы. За время правления папы Александра VI, по существу, без исключения назначались лишь такие кардиналы, которые покупали у курии свой сан.
Апробированным средством инспирированных Ватиканом или осуществленных там убийств был яд, обладавший таким свойством, что действие его сказывалось лишь через 1–2 дня. По мнению некоторых источников, только из кардинальской коллегии четыре высших священнослужителя были отправлены этим способом в иной мир. Толки же о причине смерти самого папы Александра можно считать скорее легендой о справедливом Божьем суде, покаравшем его за грехи и преступления Борджа, чем достоверной историей. Согласно отдельным описаниям, Чезаре и папа хотели уничтожить утрехтского кардинала Адриана, воспитателя Карла V. Для этого они пригласили в гости несколько кардиналов и среди них Адриана. Однако слуги перепутали бокалы и подали отравленное вино не кардиналу, а папе и Чезаре. Папа, который был уже в преклонном возрасте, умер в ту же ночь, а Чезаре поправился. (Более вероятно, однако, что Александра VI скосила внезапно вспыхнувшая эпидемия римской лихорадки.)
Сразу же после смерти Александра VI Церковное государство стряхнуло с себя господство Борджа. Чезаре бежал во Францию. Главную роль в свержении власти Борджа сыграл кардинал Джулиано Ровере. После папы Борджа, известного своей скандальной жизнью, на конклаве избрали папой считавшегося чуть ли не святым кардинала Франческо Пикколомини, взявшего себе имя Пия III. Правда, его правление длилось всего 20 дней, так что он не оставил никакого следа в истории папства.
На следующем, длившемся только один день конклаве папой избрали заклятого врага Борджа, племянника Сикста IV — кардинала Джулиано Ровере, пребывавшего в этом сане уже 30 лет. Его избрание (он стал Юлием II) тоже не обошлось без симонии, однако личная жизнь его, можно сказать, была безупречной. Юлий II был выдающейся личностью Ренессанса, но яркие краски и помпа, отличавшие Борджа, при нем стали блистать строгой и холодной красотой. Юлий II в соответствии с требованиями времени был разносторонним церковным государем (дипломатом, меценатом, политиком), но прежде всего он был полководцем и государственным деятелем. С ним на папский престол вступил типичный для Италии Ренессанса государь-тиран. Именно поэтому он получил от современников прозвище Грозный.