Когда неаполитанский кардинал Карафа взошел на папский престол под именем Павла IV (1555–1559), церковь находилась в катастрофическом положении. Казалось, что верными папской церкви оставались лишь южная часть Европы, Пиренейский полуостров и Италия. Во Франции, в Австрии и Венгрии, а также в Польше завоевывала позиции Реформация, а к северу от этих стран она одержала окончательную победу.
В этой ситуации при Павле IV строгое католическое направление возобладало и в Риме. 79-летний старец искал выхода из кризиса не в продолжении вселенского собора, а в подготовке боевой контрреформаторской реставрации. Поскольку собор создал догматическое единство церкви, папство развило деятельность по истреблению еретичества. При понтификате Павла IV инквизиция стала жестоким оружием в руках доминиканцев. Даже такие авторитетные личности, как активные сторонники церковной реформы кардиналы Мороне и Пооле, не спаслись от ее когтей.
Павел IV сделал кардиналов снова священнослужителями, а не князьями. Хотя в течение длительного времени он и сам находился под влиянием своего родственника кардинала Карло Карафы, в конце своей жизни он порвал с непотизмом. В 1559 году Павел IV впервые опубликовал список запрещенных книг, папский «Индекс», который с тех пор стал публиковаться систематически. Инквизиция и «Индекс» стали грозным оружием административной защиты тридентских решений и преследования всех, не согласных с ними.
Папа стремился освободиться от становящегося все более тягостным опекунства испанцев и Габсбургов. Антинемецкие настроения папы послужили причиной сближения Фердинанда I с протестантами. Павел IV снова посчитал, что с помощью французов сможет освободиться из «железных объятий» Габсбургов. (Союз с французами постепенно отдалял от Рима и Англию.) С Испанией же папа даже ввязался в вооруженный конфликт. Однако армия герцога Альбы разбила войско папы, состоявшее главным образом из протестантских немецких наемников. После этого поражения наступила еще большая зависимость от Испании.
Своей суровостью и своими распоряжениями Павел IV способствовал не укреплению и возрастанию авторитета папства, а лишь усилению страха и ненависти. Поскольку в контрреформации он видел только административную задачу, он всю свою жизнь, по существу, целиком посвятил инквизиции… (Каждую неделю он сам председательствовал на заседаниях Священной канцелярии.) Когда в 1559 году папа умер, накопившееся недовольство вылилось в народное восстание в Риме. В начале понтификата Павла IV ему поставили статую. Когда же он умер, Колонна и Орсини взбудоражили толпу, и она низвергла статую с пьедестала; ее разбили на куски, а увенчанную папской короной голову протащили по улицам Рима.