В поведении папы снова столкнулись политические и церковные интересы, то есть интересы власти и религии; при этом возобладали первые. Папа, по существу, желал успеха протестантским князьям в их борьбе против католического императора. Протестанты заключили союз с французами, и папа сближался с Францией. Отношения между Карлом V и папой стали выглядеть как настоящая война, когда гибеллины с ведома императора убили в 1547 году в Пьяченце сына Павла III, которому папа хотел отдать Парму и Пьяченцу. С этого времени Папское государство потеряло обе эти территории. Развязыванию конфликта помешала только смерть Павла III.
Большинство кардиналов стояло за продолжение собора; таким образом, новым папой стал один из тридентских легатов, кардинал дель Монте, принявший имя Юлия III. Юлий III (1550–1555) начал проводить миролюбивую и проимператорскую политику и в 1551 году вернул собор в Тридент (вторая сессия собора — 1551–1552 годы). На этом соборе появились уже и немецкие епископы; зато теперь в связи с новой войной на него не прибыли французские. Возглавляемые Морицем Саксонским «Шмалькальденцы», находившиеся в союзе с французским королем, вторглись в Южную Германию и вынудили Карла V бежать из Инсбрука. Появление протестантских войск рассеяло и собор, нынешняя сессия которого, по существу, не проделала никакой полезной работы. На его заседаниях даже не велось серьезных дискуссий с протестантскими делегатами.
Фердинанд I от имени императора, но без участия папы, даже вопреки ему, провозгласил в 1555 году Аугсбургский религиозный мир. Рейхстаг признал равноправие последователей лютеранского вероисповедания, отдав право выбора религии князьям и городам — признают ли они на своей территории это вероисповедание или тридентские догматы. Принцип «cuius regio, eius religio»[40] в то время благоприятствовал Реформации, потому что граждане, живущие во владениях князя, перешедшего в новую веру, обязаны были также исповедовать его веру. Согласно признанному Аугсбургским религиозным миром принципу, государь или феодал определяет, какую религию должны исповедовать его подданные. К какой вере присоединится князь или феодал, той вере должны следовать и его подданные. Таким образом, свобода выбора религии принадлежала только господствующему классу. Людям, исповедовавшим другие разновидности протестантизма (анабаптистам, кальвинистам), предоставлялось право эмиграции. Новые светские владельцы, получившие до 1552 года церковные земли, могли сохранить их за собой, но дальнейшая секуляризация была запрещена. Аугсбургский религиозный мир, легитимировав, признав Реформацию, завершил на основе статус-кво первый этап религиозного движения, однако из этого признания исключались кальвинисты и радикальные направления Реформации. Начиная с этого времени больше уже не говорится о новом объединении; речь теперь идет о возможной победе одного направления над другим, об распространении одного в ущерб другому. Компромисс окончательно был снят с повестки дня вследствие того, что Карл V, устав от своих постоянных поражений, в 1556 году удалился от политики. Его младший брат, новый император Фердинанд I (1556–1564), больше симпатизировал не сторонникам Тридента, а протестантам. В папской же курии после смерти Юлия III взяла верх строгая (фанатичная) партия.