Это не означало, однако, принижения значения кардиналов — изменились их функции. Они превратились из могущественных магнатов («князей церкви») в авторитетных и образованных высших чиновников папы. Этому, в частности, способствовало то обстоятельство, что внутри коллегии кардиналов возникли призванные заниматься различными специальными задачами кардинальские конгрегации. Они взяли на себя большинство функций бывших центральных папских учреждений. Каждая из таких конгрегаций может рассматриваться как своего рода профилированное министерство во главе с кардиналом (в отдельных случаях — во главе с коллегией, состоящей из нескольких кардиналов). Кардинальская консистория преобразовалась как бы в совет министров; обычно папа был не председателем его, а абсолютным господином. Эта организационная система отнюдь не означала демократизацию руководства церковью, а, наоборот, служила укреплению централизма, делая его более компетентным. Таким образом, структура специализированных конгрегаций заменила под знаком церковного централизма систему управления, возглавляемую канцелярией консистории. (Канцелярия и Трибунал сохранились в качестве административных органов, но влияния в делах управления они уже не имели.)
Кардинальские конгрегации учреждены папой Сикстом V в изданной им 22 января 1588 года булле «Immensa aeterni Dei», а уже существовавшие были в соответствии с ней реорганизованы. Из пятнадцати созданных конгрегаций десять входили в единую систему церковного управления, а пять были органами управления Папского государства. Эта система центральных папских учреждений впервые претерпела существенные изменения в 1870 году при ликвидации Папского государства, а затем в начале XX века в результате реформ, осуществленных Пием X.
Органической частью реформы папских учреждений явилось также и укрепление внутренней структуры кардинальского корпуса. Сикст первым определил правовое положение кардиналов. В соответствии с принципами централизма, он наделил кардиналов, возглавлявших папские учреждения, исполнительной властью по отношению к епископам. Кардинал — князь римской церкви, равный по рангу со светскими князьями, стоял над архиепископами. (Если преступника вели на казнь и на пути этой процессии встречался кардинал, он имел право освободить осужденного.) Для осуждения кардинала по любому судебному делу требовалось 72 свидетеля. Годовой доход кардинала должен был составлять как минимум 4000 скудо. Кардинальский сан мог быть приобретен только за баснословную сумму. Один лишь кардинальский перстень стоил 500 золотых; а кардинальскую шапку у некоторых пап покупали за 40 000 скудо.