В Тридцатилетней войне религиозное размежевание могло бы быть определяющим фактором ориентации пап. В действительности, однако, и руководство католической церкви занимало позицию, сообразуясь с державно-политическими моментами: первые два папы XVII столетия выступали за Габсбургов, последующие же — за французов. Но эта ангажированность отнюдь не простиралась до таких масштабов, чтобы папство принимало непосредственное участие в военных действиях. Более глубокие причины такого сдержанного поведения крылись в контрреформации: новая активизация папства в эпоху барокко освободила универсальные католические интересы от собственных (итальянских) партикулярных державных интересов; поэтому папы больше не связывали себя с интересами какой-либо из держав. Они избегали также декларировать Тридцатилетнюю войну как религиозную войну, ибо тем самым они, несомненно, должны были бы согласиться на тесный союз с Габсбургами.
Непосредственной предпосылкой Тридцатилетней войны явилось создание блоков немецких князей по религиозному признаку. Немецкие протестантские князья образовали в 1608 году организацию самообороны — «Унию». В противовес ей в 1609 году под руководством баварского герцога Максимилиана была создана «Католическая лига». На востоке сложился союз поляков и Габсбургов, поддержанный испанцами и папой. Ему противостоял шведско-голландско-трансильванский союз.
Непосредственным поводом для войны явился на вид совсем незначительный чешский конфликт в 1618 году. В действительности же необходима была только casus belli, чтобы в защиту протестантских и национальных интересов взяться за оружие и выступить против державных устремлений Габсбургов, примкнувших к контрреформации. На сторону чешских протестантов, притесняемых Фердинандом II, стал в 1616 году трансильванский князь Габор Бетлен (1613–1629), который в 1622 году вновь закрепил в Никольсбургском мире религиозную свободу протестантов. Однако в Чехии победила «Католическая лига». Во второй половине 1620-х годов война перекочевала на территорию Северной Германии. Однако вторгшиеся в империю войска датских протестантов и союзных с ними протестантских князей были наголову разбиты современной наемной армией, сформированной императорскими полководцами (Тилли, затем Валленштейном). В 1629 году датчане вынуждены были заключить мир. Так, первый период войны принес успехи католическим Габсбургам в империи и Бетлену в Венгрии.
В первый период Тридцатилетней войны папа Павел V (1605–1621), в лице которого в число папских аристократических фамилий вошла и семья Боргезе, в интересах контрреформации поддерживал огромными суммами императора против протестантов. Однако большая часть его энергии и средств ушла на вспыхнувший конфликт с Венецией, восставшей против папского абсолютизма. Вообще же в поведении Павла V временно возобладала доминиканская линия контрреформации, строгое и аскетическое направление, вступившее в противоречие с иезуитами и с помпезностью, которая отличала эпоху барокко. На крестном ходе, устроенном в Риме в ознаменование победы в битве под Била Хора в Чехии в 1620 году, с папой случился апоплексический удар, и в 1621 году он умер.