Монарший абсолютизм готов был терпеть только идентифицирующийся с ним епископский корпус. Так, епископы стали придворными епископами и почти без исключения были выходцами из новой придворной аристократии. В 1682 году французское духовенство сформулировало четыре положения о галликанских свободах (постановления в духе «свободной галликанской церкви»):
1) власть папы как главы церкви распространяется только на духовных лиц; светская власть независима от пап;
2) верховная папская власть подчинена вселенскому собору;
3) папская юрисдикция должна осуществляться в согласии с местными традициями (в духе «свободной галликанской церкви»);
4) распоряжения папы даже в вопросах веры становятся обязательными только после утверждения их вселенским собором.
Иннокентий XI в рядовом папском послании отверг эти постановления галликанского духовенства. Папа не был склонен утверждать таких епископов, которые присягали галликанским постановлениям. Вследствие этой тяжбы 35 французских епископских кресел вскоре оказались пустующими! В конце 1680-х годов из-за отмены посольского права убежища прекратилась и дипломатическая связь между Римом и Парижем. Последствия великодержавных разногласий в области церковной политики были ошеломляющи. В интересах более полного осуществления государственного абсолютизма Людовик XIV в 1685 году объявил утратившим силу Нантский эдикт и при явном неодобрении папы лишил гугенотов прав, которыми они пользовались до сего времени. Были закрыты кальвинистские церкви, изгнаны проповедники. В результате последнего религиозного преследования около 200 000 гугенотов оставили свою родину и стали искать себе пристанище в протестантских государствах — в Пруссии, Голландии и Англии. Эмигранты в большинстве своем были прилежными гражданами, хорошими ремесленниками, торговцами, образованными интеллигентами. Изгнание из страны гугенотов способствовало закату государства «короля-солнца» и подъему протестантских держав, в первую очередь Пруссии.
Решительная антифранцузская ангажированность Иннокентия XI сделала его другом Австрии; следствием этого явилась и активная поддержка войн Габсбургов против турок. Так, папа стал одним из главных участников освобождения Венгрии от 150-летнего турецкого господства. Антитурецкую политику Иннокентия XI проводил папский нунций в Вене Буонвизи. В интересах совместного выступления против турок папа, отбросив свои былые обиды, попытался примирить Людовика XIV и императора Леопольда I (1657–1705). Однако заключенный в голландском г. Нимвеген в 1658 году мир оказался недолговечным, французская политика осталась дружественной по отношению к Турции и враждебной по отношению к Габсбургам — ведь Франция не была заинтересована в дальнейшем усилении австрийских Габсбургов. Мирные переговоры заслуживают упоминания еще и потому, что начиная с этого времени и вплоть до Венского конгресса 1814–1815 годов папский нунций не принимал участия в международных переговорах.