Из-за великодержавных противоречий образовалась пятимесячная папская вакансия. Затем неаполитанский архиепископ кардинал Пиньятелли пополнил под именем Иннокентия XII (1691–1700) список пап XVII века. Наиболее значительным поступком нового папы была булла «Romanum decet Pontificem» от 22 июня 1698 года — попытка положить конец непотизму. В этой булле он заявил, что папа может назначить только одного кардинала-непота с доходом максимум в 12 000 дукатов. Несмотря на все это, получили известность еще три семьи (клана) непотов: Албани — при Клименте XI, Корзини — при Клименте XII и, наконец, семейство Браши — при Пие VI.
Иннокентий XII договорился с Людовиком XIV, который, подтвердив и закрепив право убежища своих посольств, отмежевался от галликанских постановлений. В 1699 году папа, по желанию французского двора, включил в «Индекс» книгу архиепископа Франсуа Фенелона, исповедовавшую квиетистские взгляды. (Квиетизм — полная пассивность — был современной разновидностью мистики.) Квиетизм противостоял идее государственной церкви; поэтому папа выступил против него из теологических соображений, а король — из политических. Монарший абсолютизм XVII–XVIII веков был направлен не против церкви и религии, а против власти папства над национальными церквами, что мешало развитию новых связей между церковью и государством. Именно этот монарший абсолютизм сделал Францию чисто католической и благоприятствовал католицизму в Германии. Контрреформация к концу века практически и тут завершилась: в 1700 году большинство князей-монархов вернулись в католическую веру: из девяти курфюрстов (трое из них — архиепископы) всего лишь двое остались протестантами.
Во время понтификата Иннокентия XII уже встал на повестку дня вопрос испанского престолонаследования. Карл II, последний испанский Габсбург, был бездетным. И император Леопольд I и Людовик XIV состояли с ним в одинаковой степени родства; поэтому оба они в равной мере могли претендовать на династическое наследование. Когда испанский король обратился к папе за советом, Иннокентий XII предложил ему третий вариант: он рекомендовал на испанский трон тоже близкого родственника — баварского курфюрста Фердинанда Иосифа. Но когда баварский курфюрст неожиданно умер, Иннокентий XII стал поддерживать притязания французов. Так король Карл сделал своими наследниками французских Бурбонов. Объединение испанской короны с французской сделало бы власть «короля-солнца» невыносимой для Англии и для протестантских государств. Поэтому теперь они поддержали притязания австрийских Габсбургов. Папа невольно втянулся в войну Бурбонов и Габсбургов за испанское наследство.