Поступок папы объективно был направлен против итальянского национального движения, однако в решении Пия IX мы должны усматривать отнюдь не простое предательство. Папство не могло взять на себя руководство движением за национальное единство Италии, ибо тогда был бы положен конец вселенскому наднациональному характеру папства. Конфликт между универсализмом и итальянской сущностью папства в эти месяцы завершился. В своем заявлении от 29 апреля 1848 года Пий IX выразил мысль, что папский престол должен относиться с одинаковой любовью ко всем католическим народам; таким образом, папа, обладая духовной верховной властью, никогда не сможет стать во главе федерального итальянского государства. В критической ситуации папа делал одну ошибку за другой. Два года он создавал видимость того, что участие в национальном деле и папство могут быть совмещены. Однако в решающий час действий он стал высказывать противоположные мысли. В числе политических мотивов такого решения немалое значение играло то, что папа испугался буржуазной революции, революционных методов и увидел гарантию порядка в присутствии австрийцев в Италии. Угрозы Меттерниха порвать с церковью Габсбургской империи не могли не оказать воздействия на папу. В этом положении у него не было другого выхода: или отказаться от своего государства и от светской власти (что не входило в его намерения), или же искать защиту у контрреволюционных сил.
Папа — под влиянием Кустоццы — в сентябре 1848 года распустил либеральное министерство и вместо него назначил правое правительство во главе с Пеллегрино Росси, что накалило обстановку и привело к народным волнениям. 15 ноября Росси был убит, а в Риме вновь вспыхнула революция. Папа бежал в Квиринал, но толпа осадила дворец и вынудила его назначить новое, демократическое правительство. Новое правительство разоружило швейцарскую гвардию, но на ход событий папа уже не мог оказать влияния. Теперь он хотел лишь выиграть время. 24 ноября 1848 года ночью он с помощью баварского и французского послов бежал в неаполитанское королевство, где в замке Гаэта в обществе Антонелли, Ламбруччини и других кардиналов в течение 17 месяцев пользовался гостеприимством неаполитанского короля. (Это был последний случай, когда папа был вынужден бежать из Рима, спасаясь от римлян.) Из Гаэты Пий IX осыпал проклятиями революционный Рим. Под угрозой отлучения от церкви папа запретил католикам участвовать в выборах и в политической жизни.
Бегство папы окончательно похоронило альтернативу неогвельфов, и инициатива перешла в руки революционеров, в руки Мадзини и Гарибальди. На парламентских выборах радикалы одержали полную победу. Они объявили о ликвидации светской власти папы и провозгласили республику. Джоберти по возвращении в Италию в декабре 1848 года стал премьер-министром Пьемонта; он предложил папе помощь пьемонтской армии против Римской республики. (Тем самым он хотел упредить намерение папы обратиться за помощью к государствам, находящимся за пределами Италии.) Джоберти направил в Гаэту Росмини, который в 1847 году стал кардиналом, чтобы склонить папу поддержать этот план. Однако Пий IX в эмиграции оказался полностью под влиянием реакционного направления, под влиянием Ламбруччини и Антонелли, которые в свою очередь готовили окончательный разрыв папства с Италией.