В Гаэте консервативные, реакционные силы курии убедили Пия IX в том, что причиной революционных событий была его уступчивость либерализму. Теперь папа от либерализма ждал лишь революций, разрушений и безбожия. Поэтому Пий IX упрямо отклонял попытки либералов (в лице Джоберти) к сближению и принял решение призвать на помощь международную контрреволюцию. Поскольку австрийские вооруженные силы были задействованы в Венгрии, на помощь папе поспешили войска нового президента Франции — Луи Наполеона Бонапарта. Французская армия в марте 1849 года осадила Рим, но республика под руководством Гарибальди оказала героическое сопротивление. Лишь после продолжительных боев французским войскам, обладавшим значительным преимуществом, удалось занять город. В Риме снова была восстановлена папская монархия. Однако Пий IX осмелился возвратиться в Рим лишь 12 апреля 1850 года, после того как революции во всей Европе потерпели поражение и гегемония международной реакции утвердилась.
Реставрированное папское абсолютистское правительство проводило еще более жесткий курс, чем прежде, что еще в большей степени усилило ненависть итальянских патриотов к Риму. Реакция была возведена в принцип, и конституционность посчитали несовместимой с папством. Либерализм — независимо от вероисповедания его приверженцев — преследовался и искоренялся. Под влиянием событий уже и Джоберти признавал, что Церковное государство, как главнейшее препятствие на пути национального единства, именно в интересах церкви и папства должно исчезнуть. Папа же объявлял каждого, кто осмеливался критиковать отношения, сложившиеся в его государстве, врагом церкви. Эта близорукая политика была связана с именем нового статс-секретаря папы — распутного, властолюбивого и алчного кардинала Джакомо Антонелли.
Курия поддерживала папу в его становящемся все более закоснелым консерватизме. Папа, который всего лишь несколько лет тому назад с молодым воодушевлением приступил к решению внутренних проблем своего государства, именно в этой области потерпел наибольшее фиаско.
Подобно проводившейся Пием VII в посленаполеоновский период политике реставрации папа вслед за подавлением европейских и итальянской революций 1848–1849 годов вновь попытался с помощью конкордатов сохранить свое влияние и даже распространить его на всю вселенскую церковь. Еще в 1847 году он заключил тайное соглашение с Россией по польскому вопросу, которое в 1856 году было предано гласности, однако в 1866 году русский царь это соглашение денонсировал. В 1850 году в Англии и Уэльсе, которые до того считались миссионерской территорией, была восстановлена католическая иерархия во главе с архиепископом Вестминстерским. Английскую католическую церковь вскоре возглавил известный своими крайними ультрамонтанскими взглядами кардинал-архиепископ Мэннинг. В Голландии, где с 1848 года католики получили свободу вероисповедания, папа реорганизовал иерархию, во главе которой стал архиепископ Утрехтский. Подобным же образом католическая церковь развивалась и в Соединенных Штатах, о чем свидетельствует тот факт, что в 1875 году Пий IX впервые назначил американского кардинала.