Однако анафема даже в руках папы стала уже анахроничным неэффективным средством. Велико было сопротивление в отношении «Силлабуса» и внутри церкви; в некоторых случаях дело доходило до неповиновения — ведь такая позиция вовлекла бы миллионы граждан, верующих католиков, в конфликт между их совестью и гражданскими обязанностями.
А в Италии продолжался процесс отделения церкви от государства. Новое, либерально-буржуазное национальное государство приняло антиклерикальные законы, секуляризировало церковные владения. В 1865 году новой столицей королевства стала Флоренция. В 1866 году в результате прусско-австрийской войны произошел решительный шаг в направлении создания единой Германии под прусским и протестантским руководством. Австрия в результате своего поражения отказалась от Венеции в пользу Италии. Для единства Италии теперь не хватало лишь Рима. В 1867 году папу защищали от революционных армий Гарибальди войска Франции и пьемонтского короля. Пий IX из чувства благодарности в булле от 27 февраля 1868 года «Non expedit!» запретил итальянским католикам участвовать в парламентских выборах, в политической жизни Итальянского государства. Тем самым он открыто побуждал верующих отказываться от повиновения государству.
Финал полувековой борьбы завершился в 1869–1870 годах: со стороны папы принятием на I Ватиканском соборе догмата о папской непогрешимости, а со стороны Итальянского государства — присоединением Рима и Патримониума Петра, ликвидацией светской власти папы.
I Ватиканский собор (1869–1870) и его последствия (1870–1878)
Папа Пий IX после своего бегства в Гаэту занялся разработкой идеи о созыве I Ватиканского собора с целью отрегулировать положение церкви и папства в новых обстоятельствах. 6 декабря 1864 года папа в связи с представлением «Силлабуса» для ознакомления коллегии кардиналов неожиданно сообщил им о своем намерении созвать в ближайшее время собор.
26 июня 1867 года на открытой консистории Пий IX официально объявил о созыве 20-го вселенского собора, что получило благословение 500 епископов, собравшихся в Риме на праздник Святых апостолов Петра и Павла, на 1800-летний юбилей их мученичества. Те круги курии, которые одобряли решение о созыве собора, все более открыто указывали, что функцией собора должно быть окончательное установление контуров и пределов верховной власти папы. Согласно органу иезуитов «Чивильта Каттолика» и централистски настроенным кардиналам курии, из полной и непосредственной верховной власти папы, которая распространяется на каждого католика, вытекает и его непогрешимость.