Не случайно Лев XIII, теологически обосновывая власть папства, сделал философско-теологическую систему Святого Фомы Аквинского, томизм, официальной философией церкви. Лев XIII в значительно большей степени, чем его предшественник, был приверженцем неосхоластики и томизма. В своих наиболее важных энцикликах Лев XIII всегда ссылался на Фому Аквинского как на высший и непререкаемый авторитет.
В своей энциклике от 4 августа 1879 года «Aeterni Patris» Лев XIII провозгласил томизм нормой католической теологии, определив, что основой христианской философии может быть лишь учение Фомы Аквинского. Одновременно энциклика предписывала изучать томизм в университетах и в других учебных заведениях, где готовились кадры священников.
15 октября 1879 года папа в письме, адресованном префекту конгрегации по учебным делам, кардиналу Де Лука, приказал создать Академию имени Святого Фомы Аквинского по изучению и распространению томизма. Академию открыл в 1880 году брат папы, иезуит кардинал Печчи. Академия попала в руки доминиканцев (в свое время и Фома был доминиканцем), и именно им папа доверил комментированное издание произведений Святого Фомы Аквинского (Editio Leonina).
Целью томизма было объединение веры и знания, точнее, обращение результатов науки на укрепление веры, сделав ее более современной. Руководствуясь этим, папа действительно активизировал и церковные науки, ибо был убежден в том, что церкви нечего опасаться светской науки. В 1879 году по указанию Льва XIII была реорганизована Ватиканская библиотека и был облегчен доступ к ней. В 1879 году он поставил во главе Ватиканского архива ученого, кардинала Иозефа Хергенрётера, которому было поручено подготовить к 1881 году открытие архива для избранных и считающихся достойными исследователей. Открывая архив, папа хотел сделать более успешной исследовательскую работу в области церковной истории, преследуя при этом апологетические цели. В своей булле от 18 августа 1883 года «Saepe numero considerantes» он изложил требования, предъявляемые к католической истории церкви.
Папа не только приказал включить в систему обучения теологов обязательное изучение томизма, но и оказывал поддержку итальянским, бельгийским и французским католикам в их борьбе против светской школы. Подобным же образом он относился и к печати, считая ее средством культурного и идеологического влияния и воспитания масс. Папские высказывания по вопросу о христианской ответственности журналистов, об использовании возможностей, скрытых в печати, сформулированы в духе крылатого выражения: «Scriptus scripta opponenda» («Написанному противопоставлять написанное»).