Побуждение к научным исследованиям и нетерпимость, эти два начала нашли свое общее проявление в энциклике о Библии «Providentissimus Deus» от 13 ноября 1893 года, в которой папа вновь призвал католических ученых к укреплению кредита апологии, к изучению Библии, чтобы ликвидировать научное отставание в этой области по сравнению с некатолическими исследователями, чтобы католические ученые вели борьбу с ними, используя научные аргументы. В духе энциклики была создана временная комиссия, состоящая из трех кардиналов и сотрудников-теологов, задачей которых было стимулирование работ в области библейской критики. Координационное руководство этими исследованиями было создано, как поначалу представлялось, для выступления против атеистической критики Библии. Однако вскоре выяснилось, что речь шла о большем: об ограничении свободы научных исследований.
Ватикан уже во время опубликования энциклики о Библии, в 1893 году, осудил работы наиболее значительного католического исследователя Библии того времени — Альфреда Луази, и его вынудили отказаться от занимаемой должности. Дискуссия особенно обострилась после появления в 1896 году книги Луизи под названием «Histoire du Canon de L'Ancien Testament» («История канонизации Ветхого завета»). В 1902 году была создана постоянная Библейская комиссия для руководства и надзора за экзегетическими исследованиями с церковных позиций. Этот шаг, направленный против науки, был предпринят Львом XIII уже на закате жизни, когда у него проявилась склонность к ригоризму; он свидетельствовал также об укреплении позиций интегралистов в курии. (Библейская комиссия при Пие X превратилась в подлинную вторую конгрегацию «Индекса».)
На рубеже XX века против проводившегося до этого курса Льва XIII в области и теологии и церковного управления выступил интегрализм. Результатом этого явилось осуждение в 1899 году так называемого американизма. (Американизмом называли направление, которое хотело приспособить учение католической церкви к американским условиям, где католическая религия была лишь одним вероисповеданием из многих. Так, например, для практического склада ума американских янки — при преимущественном влиянии более рациональных протестантских вероисповеданий — были совершенно неприемлемы некоторые догматы, противоречащие современному образу мышления.) Цель американизма состояла в том, чтобы сделать католицизм конкурентоспособным и в американском обществе с некатолическими конфессиями. Однако усиливающиеся в Риме нетерпимость и подозрительность привели к оценке американизма, поддержанного и балтиморским кардиналом Й. Гиббонсом, как заблуждения, что и дало повод Льву XIII осудить американизм в письме от 22 января 1899 года, адресованном Гиббонсу.