Структура конгрегаций следующая: конгрегация состоит из многих назначенных папой кардиналов, во главе с кардиналом-префектом. Поскольку председателем конгрегации является сам папа, то непосредственно руководит конгрегацией кардинал-секретарь. Префектом наиболее важной конгрегации, Священной канцелярии, является сам папа, но и руководство некоторыми другими, в данный момент наиболее важными конгрегациями, может взять на себя папа. При префекте действует секретарь. К конгрегации относятся куриальные и некуриальные кардиналы; число их меняется в пределах между 10 и 30. Число консультантов, подготавливающих специальные вопросы, обычно в два раза больше, чем число кардиналов, членов конгрегации. Папа Пий X сохранил или же реорганизовал следующие конгрегации:
1. Sacra Congregatio S.Officii (Конгрегация священной канцелярии: высшее ведомство по делам веры). Осуществляет надзор за чистотой веры и морали, выносит суждения по этому вопросу. Решает вопросы, связанные с браком. Со времени понтификата Бенедикта XV ведет также дела Конгрегации «индекса».
2. Congregatio Consistorialis (Консисторская конгрегация). В результате реформы она стала второй по значению конгрегацией. В ее задачу входит решение всех вопросов церковной организации, назначение администраторов, коадьюторов, проверка, предшествующая назначению епископов. Осуществляет общий надзор над епископами.
3. Congregatio de Disciplina Sacramentorum (Конгрегация дисциплины таинств). Толкование и защита учения о семи таинствах — такова задача конгрегации; основана Пием X. В сферу деятельности конгрегации входит также, например, освобождение от поста.
4. Congregatio Concilii (Соборная конгрегация). Задача конгрегации — толкование и осуществление решений Тридентского собора. Ее юрисдикция распространяется на дела, связанные с дисциплиной и моралью духовенства и верующих. Сюда относятся также дела о церковном имуществе, о пошлинах и сборах; местные и региональные соборы.
5. Congregatio Religiosorum Sodalium Praeposita (Конгрегация монашеских орденов). Ведает всеми делами, касающимися монахов и монашеской жизни, за исключением сферы деятельности конгрегации пропаганды веры. Ее самостоятельность была восстановлена Пием X.
6. Congregatio Propaganda Fide (Конгрегация пропаганды веры). В задачу конгрегации входит руководство проповедованием веры среди язычников, церковное управление территориями, не имеющими самостоятельных иерархий. Пий X изъял из ее юрисдикции епархии Соединенных Штатов Америки, Канады и Русской Польши, выделив их в самостоятельные иерархии.