Папа Иоанн говорил по преимуществу о мире и единстве, основывающемся на христианской любви, о взаимопонимании всего человечества. В качестве органической части этой основной концепции он сформулировал — впервые в июне 1959 года — программу аджорнаменто. Аджорнаменто означало через обновление, модернизацию церкви: присоединение к современному миру. Если католическая церковь обновится, то она станет способной к диалогу с остальными христианами. (Некатолических христиан папа Иоанн называл вначале отделившимися братьями.) Иоанн XXIII с тех пор выражал сущность аджорнаменто расхожим сравнением: двухтысячелетнее здание церкви он уподоблял кафедральному собору, в котором застоялся воздух истории. Для того чтобы люди вновь смогли в нем свободно дышать, хорошо бы себя чувствовали, нужно распахнуть окна; нужно открыть окно в мир — пусть в собор ворвется свежий воздух.
Иоанн XXIII издал всего восемь энциклик. Первая, программная энциклика «Ad Petri cathedram» издана 29 июня 1959 года: в ней объявление о созыве вселенского собора было связано с прокламированием мира и общественной справедливости, а также со служением экуменизму. Главную цель собора энциклика определяла как самопознание церкви, приближение ее к требованиям эпохи, обновление христианской жизни верующих.
В духе экуменизма папа Иоанн XXIII создал Секретариат Христианского Единства и в изданной в 1961 году энциклике «Aeterni Dei» изложил свою точку зрения об экуменизме. Во главе Секретариата он поставил кардинала Беа, лидера прогрессистов. Задача нового органа состояла в побуждении к диалогу между христианскими конфессиями. Под влиянием деятельности папы в Ватикане сложился новый экуменический дух; этот дух уже не нацеливался на возрождение завоеваний, а искал сближения между равноправными сторонами. В 1960 году папа Иоанн принял даже примаса англиканской церкви архиепископа Кентеберийского, продемонстрировав тем самым свою открытость для диалога.
В духе единства он говорил и о миссиях. 29 ноября 1959 года в своей энциклике «Princeps pastorum» Иоанн XXIII настаивал на участии недуховных лиц в миссионерской работе. Папа Иоанн существенно расширил кардинальскую коллегию и придал ей подлинно интернациональный характер. В декабре 1958 года число кардиналов впервые превысило традиционную цифру в 70 человек, а к 1962 году оно уже увеличилось с 75 до 87 членов.
Что касается теологических и философских взглядов папы, то они характеризовались приверженностью к традициям. Его традиционалистские позиции подтверждаются, например, тем, что в июле 1959 года он распорядился о роспуске французского движения священников-рабочих. В 1962 году в апостолической конституции он привлек внимание к культивированию латинского языка. Дух традиции пронизывал глубокую религиозность Иоанна XXIII. В центре ее были уважение к евхаристии и культ Девы Марии, что явствует из опубликованного духовного дневника папы. В изданной 1 августа 1959 года энциклике «Sacerdotii nostri praecordia» он высоко оценил спиритуализм, строго религиозный образ жизни священнослужителей. 26 сентября 1959 года в энциклике «Grata recordatio», гласящей о четках, он объявил октябрь месяцем молитв с четками. И наконец, в энциклике от 1 июля 1962 года «Poenitentiam agere», посвященной отпущению грехов, он призвал верующих молиться за успех вселенского собора. Эти энциклики ярко свидетельствуют о традиционалистских взглядах Иоанна XXIII. Не случайно и то, что одним из желаний папы Иоанна — хотя и неосуществленным — было причислить Пия IX к лику святых.