Для выполнения все усложняющихся задач по управлению церковью, церковно-политических и складывающихся политических функций (главы государства) требовалась армия знающих чиновников. Папские учреждения организовывались по образу императорского управления, вероятно, с времен Дамаса I. Существовало две группы папских чиновников, образовавших две самостоятельные организации.
1. Писари (нотарии) работали в папских центральных учреждениях (курии). Курия состояла из 7 отделений, занимавшихся определенным кругом задач. Во главе того или иного отделения, подразделения стояли руководители — нотарии-регионарии. Начальник ведомства, охватывающего отделы писарей, назывался примицерий нотариорум, т. е. главный писарь.
2. Служащими вне курии являлись папские эмиссары (или дефензоры). Разбитые тоже на семь отделений, они работали под руководством дефензоров-регионариев; все семь отделений подчинялись примицерию-дефензоруму, т. е. главному эмиссару. В то время эти чиновники, как правило, набирались из представителей наиболее низкого по положению римского клира.
Эту чиновничью организацию дополнял византийский посол (апокрисарий), занимавший самый важный пост в папской внешней политике. Содержание армии чиновников обеспечивалось благодаря доходам с папских латифундий, также управляемых чиновниками. Работа папской администрации и церковного управления регулировалась различными кодексами законов, например сборником Canones apostolici (Апостольских правил), составленным уже упоминавшимся Дионисием Малым, а также кодексом Liber diurum, созданным еще, вероятно, при Григории I.
Во времена понтификата Григория римские иерархи начали превращаться в замкнутую касту, аристократический орден, обладающий исключительным правом избрания папы. Первоначально римского епископа избирали так же, как и любых других: клир (городское духовенство), соседние епископы и народ избирали епископа совместно. В V веке римская городская аристократия и высшая церковная иерархия фактически оттеснили народ от выборов, у него осталось лишь право выражать одобрение. С конца V века право избрания папы начали регламентировать. По мере укрепления власти пап сужался круг лиц, которые могли подать свой голос на выборах. Выборщиками все чаще становились лишь те, кто владел экономической и политической властью, — формирующееся дворянство и высшее духовенство, кардиналы.
Кардиналами (происходит от слова cardo, что означает угол двери — в переносном значении основу, то, на чем что-либо покоится) вначале называли римских клириков, постоянно служивших в главных римских церквах (закрепленных за ними — inkardinalt) и помогавших папе в церковном управлении. Так называли священников 25 главнейших римских церквей (имевших название); позднее — уже лишь первого из священников каждой такой церкви. (Кардиналами называли также священников, которые стояли во главе крупнейших епископских соборов, например, помимо Рима, — в Милане, Равенне, или некоторых немецких кафедральных соборов.) Однако в общем это название вплоть до XI века ограничивалось римской церковью.