Эти два полка были слиты в 1-ю Николаевскую бригаду. Комбригом её командование утвердило Чапаева, комиссаром — Я.А. Белолипова.
29 мая ВЦИК вынес постановление о мобилизации в некоторых районах страны, где разгорелась вооруженная борьба с контрреволюцией. В постановлении говорилось, что «переход от добровольческой армии ко всеобщей мобилизации рабочих и беднейших крестьян повелительно диктуется всем положением страны, как для борьбы за хлеб, так и для отражения обнаглевшей контрреволюции, как внутренней, так и внешней».
Принимались активные меры по организации войск и для борьбы с уральским казачеством. Образовался Уральско-Оренбургский фронт. Саратовская армия пополнялась людьми и вооружением. Отдельные красногвардейские отряды объединялись в роты, батальоны и полки.
Рейды уральских казаков в пределы Николаевского уезда- продолжались. Продолжались и восстания с мятежами. Один из отрядов Красной гвардии под командованием Санталова, находясь в Любицком, 29 мая был окружен белоказаками. И Чапаев пошел его освобождать, имея только 200 человек, которые только что пришли в его подчинение.
Командиру 1-го Николаевского полка Топоркову пришла записка следующего содержания:
НЕ ПОЗДНЕЕ 29 МАЯ 1918
ТОВАРИЩ ТОПОРКОВ, дайте немедленно помощи. Санталова отряд бежал в Любитское, окружен. Я с 200 людьми иду на выручку. Казаков много, число указать не могу. (Село) Порубежка в руках казаков.
ЧАПАЕВ
1-2 июня полки Топоркова и Чапаева выбили противника из Семеновки, Клинцовки и нанесли ему поражение.
Несмотря на проделанную работу, объединение красногвардейских отрядов в части регулярной Красной Армии проходило все же без должного размаха и решительности. Пополнение личным составом, вооружением и всем необходимым в Саратове было крайне неудовлетворительно. После подавления мятежа в Саратов прибыла высшая военная инспекция РККА во главе с Н.И. Подвойским. Были заслушаны доклады командования Саратовской армии о неудавшемся походе на Уральск и принято решение о смене командования армии.
Новым командующим был назначен старичок А.А. Ржевский. Он был бывшим полковником, начальником оперативного отдела армии в первом её походе. И, кстати, крайне бесталанным в области военного искусства. А по личному настоянию Подвойского, руководство боевыми действиями армии передавалось от Саратовского Совета командующему Уральско-Оренбургским фронтом, штаб которого находился в Самаре.
Но с отъездом командующего фронтом в Самару связь со штабом фронта прервалась: Самара оказалась захваченной чехословацкими мятежниками.