В основном такие лица находились в СПП и ПФП от пяти до десяти суток. При получении в ходе опросов и допросов противоречивой информации в ответах организовывалось их агентурное изучение. На каждое проверяемое лицо заводилось фильтрационное (учетное) дело, а в отношении подозреваемых во враждебной деятельности оформлялось дело-формуляр. К нему наряду с анкетными данными приобщались материалы агентурно-оперативного, оперативно-технического изучения и внутрикамерной разработки такого гражданина.
Большинство советских военнослужащих после завершения проверки на СПП и ПФП направлялось на пополнение частей действующей армии. А вот те, кто не прошел «сито» контрразведки СМЕРШ — подозреваемые в сотрудничестве с гитлеровскими спецслужбами, совершившие военные преступления и запятнавшие себя службой в гитлеровской армии и частях «Русской освободительной армии» (РОА) генерала А.А. Власова, — становились объектами серьезной контрразведывательной работы по ним.
По результатам фильтрации бывших военнопленных управления СМЕРШ фронтов ежемесячно направляли отчеты в ГУКР СМЕРШ НКО СССР. Завершалась оперативная работа во фронтовых проверочно-фильтрационных лагерях (ПФЛ) и специальных лагерях НКВД. В случае получения на проверяемое лицо серьезных оперативных материалов к работе сразу же подключались следственные работники.
О масштабности этой работы говорят цифры. Так, за период с 1 февраля по 4 мая 1945 года в десяти СПП УКР СМЕРШ 3-го Украинского фронта было проверено в общей сложности 58 686 человек. Из них 16 456 человек — бывшие солдаты и офицеры Красной Армии, а 12 160 человек — советские граждане призывного возраста, угнанные противником на работы в Германию.
После проверки все они были призваны в армию полевыми военкоматами и направлены в воинские части; 1117 граждан других государств были репатриированы на родину, а 17 361 человек, не подлежащий военному призыву, возвратился к себе домой. Тех же, кого задержало «сито» фильтрации — подозреваемых в сотрудничестве с гитлеровскими спецслужбами, лиц, совершивших военные преступления, а также запятнавших себя Службой в гитлеровской армии и частях РОА, — их оказалось 378 человек, — проверяли более глубоко с подключением следователей.
А вот другой пример.
Только за один месяц, май 1945 года, управлениями контрразведки СМЕРШ 1-го, 3-го Украинских и Ленинградского фронтов было выявлено и разоблачено 159 агентов гитлеровских спецслужб. Кроме того, за этот же период арестовано 667 лиц, служивших в фашистской армии и частях РОА.
Но на незримых фронтах войны с гитлеровскими спецслужбами органы СМЕРШа тоже несли потери. В результате провалов зафронтовых агентов те из них, кто избегал смерти и не стал на путь предательства, оказались в тюрьмах и концлагерях. После вступления в войну союзников и освобождения ими оккупированной гитлеровцами территории Западной Европы часть этой агентуры оказалась в числе интернированных. Союзное командование не спешило их возвращать на родину.