Самих дворян, «возмутителей империи и разорителей крестьян», предписывалось «ловить, казнить и вешать и поступать равным образом так, как они, не имея в себе христианства, чинили с крестьянами». Приказ самозваного государя выполнялся со всей возможной старательностью. По данным правительства, собранным после подавления восстания, всего за время крестьянской войны погибло насильственной смертью дворян 1572 человека, включая детей, мужчин и женщин. Эта цифра оказывается тем более значительной, что включает в себя жертвы среди помещичьего сословия только на ограниченной территории тех областей, где действовали пугачевцы. Николай Тургенев, отмечая, что многие события российского прошлого представлены потомкам «не в настоящем виде», указывал и на причину этого: «сие происходит только от того, что историю пишут не крестьяне, а помещики». Действительно, во многом благодаря этому обстоятельству жестокие раправы пугачевцев над дворянами остались навсегда мрачным пятном в памяти последующих поколений, а жестокости самих помещиков и несправедливость всего государственного строя в целом, вызвавшие крестьянское возмущение, отошли на задний план. Так родился помещичий миф о свирепости и природной дикости простого народа.
В большинстве случаев в казнях над господами крепостные люди следовали ветхозаветному принципу равного и справедливого возмездия: «око за око». Одна помещица прославилась не только жестокостью, но и жадностью, не давая своим дворовым соли в пищу. Когда ее привели на расправу, то присудили к сечению кнутом, а в промежутках между сериями ударов окровавленную спину посыпали солью, приговаривая: «просаливай ее, просаливай!» Другая дворянка приказала заморить голодом ребенка кормилицы своего сына, чтобы, как она говорила, не делить молоко с «хамовым отродьем». Ей придумали такую казнь: разрезали живот и вложили внутрь еще живого ее ребенка.
Способы казней были разнообразны: дворян вешали, расстреливали, топили. В некоторых случаях расправы отличались жестокой изобретательностью: сжигали на медленном огне, стреляли снизу вверх так, чтобы пуля пробила и разорвала все внутренности, помещали под доски на землю, кладя сверху тяжести и так постепенно раздавливая насмерть. Насиловали и превращали в наложниц дворянских жен и дочерей.
Но среди кровавых событий крестьянской войны отчетливо проявилось очень важное обстоятельство: вооруженное выступление было направлено не против государственности, а исключительно против конкретных лиц и режима, доказавших свою враждебность простому народу. Это был не анархический бунт, а сознательное восстание в защиту своих гражданских прав и справедливого государственного устройства. Заблоцкий-Десятовский писал: «Сила понятия о правительстве весьма замечательна как в помещичьих крестьянах, так и в государственных; если случаются неповиновения, или даже оскорбления правительственных властей, то это всегда относится собственно к лицам; все казенное почитается ими неприкосновенным».