Примечательно, что самовольных расправ с помещиками во время крестьянской войны было не так много. Выполняя повеление пугачевского манифеста, крепостные добросовестно вылавливали своих и чужих господ, скрывавшихся по лесам, и, как государственных преступников, виновных в заговоре и враждебных намерениях против «государя Петра Феодоровича», доставляли на суд «императорских» властей в места, где располагалась казачья администрация. Известны случаи, когда крестьяне выступали даже просителями в защиту своих помещиков, если те были к ним милостивы и не «взыскательны», но важно, что делали они это, все же предварительно арестовав господ и представив их «властям»!
Подавление восстания и расправы с его участниками были проведены правительственными войсками с исключительной жестокостью. Сколько погибло, было расстреляно, повешено и замучено крестьян, а также крестьянских детей и женщин — никто не считал, и сосчитать все жертвы вряд ли было возможно. В канавах вдоль дорог валялись трупы убитых, у деревенских околиц на виселицах раскачивались тела повешенных, и под ними устраивали показательные экзекуции, на которых секли плетьми все население от мала до велика, и свежие братские могилы полнились телами запоротых насмерть. Живым рвали ноздри, резали уши, языки, клеймили лбы, отправляли на каторгу.
В следующие два десятилетия число крестьянских выступлений значительно уменьшается, хотя отдельные восстания против помещичьей власти происходят время от времени, и каждое такое происшествие, иногда незначительное возмущение крепостных людей в той или иной усадьбе, поднимало панику едва ли не во всей губернии — чудился призрак новой пугачевщины. Под Вологдой однажды появилась шайка разбойников, пограбивших несколько имений, главарь которой заявлял, что они хотят сделать то же, что и Пугачев. Услышав об этом, губернатор отправил нарочного
в Петербург, требуя срочно прислать регулярные войска с артиллерией, на что императрица, не терявшая никогда самообладания, иронично заметила: «Видно, что у страха глаза велики, и что гора мышь родить может».
Но разбойничьи ватаги, в которые собирались беглые крепостные и дезертиры, все же представляли собой немалую угрозу, особенно для усадеб небогатых помещиков. Кроме того, часто крестьяне сговаривались с «лихими людьми» и помогали им ограбить своих господ, сами оставаясь при этом безнаказанными, потому что всю вину за нападение, а часто и убийство владельцев сваливали на разбойников. Не были в безопасности и крупные имения, охраняемые порой специальным штатом вооруженной дворни. Тогда разворачивались целые сражения, с осадой поместья, вылазками осажденных и штурмом укрепленного барского дома. Путешествие по территории уезда также было сопряжено с опасностью разбойного нападения.