— Япония и Россия признают равные права друг друга на хозяйственную деятельность в Корее южнее линии Кэсон — Янъян (38-я параллель);
— Остальная территория Кореи признается сторонами зоной исключительных российских экономических интересов;
— Россия и Япония признают Корею единым суверенным государством, уважают его суверенитет и обязуются не вводить на его территорию своих воинских формирований иначе, как по взаимному согласию. Исключение составляет гарнизон арендованного Россией порта на юге полуострова, если таковая аренда состоится;
— Россия не возражает против строительства железнодорожного пути Пусан — ЮМЖД российско-японским консорциумом при долевом участии 51:49. При этом по окончании строительства участок от ЮМЖД до Кэсона будет находиться в собственности российской стороны, от Кэсона до Пусана в японской;
— Маньчжурия признается сторонами зоной исключительных российских интересов;
— Япония обязуется в течение 20 лет возместить России и Черногории затраты вызванные войной в сумме 150 миллионов рублей, частично компенсируемые в отношении России арендой островов Цусима и отказом от притязаний на Сахалин и Курилы (50 миллионов рублей);
— На время этих выплат (20 лет) Россия обязуется всеми доступными средствами охранять побережье Японии от посягательств третьих стран;
— Япония обязуется уважать российское законодательство о территориальных водах, рыбной ловле и промысле зверя, предавая своих граждан, уличенных в его нарушении, уголовному суду;
— Военные и гражданские суда, захваченные Россией у Японии в ходе боевых действий и на основании призового права признаются собственностью России;
— Все суда, захваченные Японией у России, подлежат немедленному возвращению. В случае невозможности такового, японское правительство обязано компенсировать российским владельцам их стоимость.
По завершении всех формальностей, отбытия японских официальных лиц и иностранных журналистов, за исключением американца Джека Лондона, пожелавшего плыть во Владивосток вместе с Великим князем, обещавшим ему пространное интервью, русские корабли немедленно покинули залив Эдо произведя салют наций со всех кораблей, находившихся у Токио. Император Муцухито наблюдал за этим с верхней террасы своего дворца в полном молчании…
Погрузка русских войск на транспорта производилась в портах Йокогамы и Йокосуки в течение четырех дней, к исходу которых пришло подтверждение Петербургом заключенного мирного договора, а взятые в качестве призов в Йокосуке броненосные крейсера, которые предполагалось назвать "Рюриком" и "Корейцем", были подготовлены к походу.