В мае 2006 года были проведены консультации российского МИДа с президентами Приднестровья и Абхазии В июне 2006 года президент ПМР Игорь Смирнов заявил, что Приднестровье готово занять место Молдовы в составе СНГ в случае ее выхода из Содружества.
В июне 2006 года главы ПМР, Абхазии и Южной Осетии на саммите в Сухуми заключили «Договор о дружбе, сотрудничестве и взаимопомощи» и подписали «Декларацию о создании Сообщества за демократию и права народов», которые предполагали не только экономическое и политическое сотрудничество между республиками, но и создание коллективных миротворческих вооруженных сил, которые смогли бы заменить российских миротворцев и совместно отражать возможные силовые акции «малых метрополий» и попытки разрешения ситуации военным путем.
В июне 2006 года президент и МИД России объявили, что судьба непризнанных государств должна определяться волей их населения на основе права на самоопределение.
17 сентября 2006 года на территории ПМР был проведен референдум, на который было вынесено два вопроса: «Считаете ли вы возможным сохранение курса на международное признание Приднестровья и вхождение в состав России?» и «Считаете ли вы возможным вхождение Приднестровья в состав Молдавии?». Молдавия, ОБСЕ, Европейский Союз и ряд других международных организаций заранее объявили референдум незаконным и недемократичным
За независимость Приднестровской Молдавской республики (ПМР) и ее последующее свободное присоединение к Российской Федерации высказались 97 % граждан Приднестровья, принявших участие в референдуме. Против интеграции с Россией проголосовали 2,3 % избирателей. За отказ от курса на независимость ПМР и последующее вхождение республики в состав Молдавии высказалось 3,4 % граждан Приднестровья, а против такой интеграции высказались 94,6 % участников референдума 2 % избирателей не смогли определиться с выбором. По официальным данным ЦИК Приднестровья, в референдуме 17 сентября 2006 года приняли участие 78,6 % граждан, имевших право голоса, или около 306 тысяч из 389 тысяч человек.
Как известно, после российско-грузинской войны 2008 года и последовавшего после нее признания со стороны России независимости Южной Осетии и Абхазии руководство непризнанной республики питало определенные надежды на скорейшее решение судьбы Приднестровья. Эти надежды оказались иллюзиями в силу того, что российское руководство оказалось достаточно прозорливым для того, чтобы не усугублять свое внешнеполитическое положение и не предъявлять каких-либо «ультиматумов» властям Молдовы. Тем не менее почва для конфликта все еще существует. Достаточно сложно однозначно прогнозировать будущее развитие событий в этом регионе.