К апрелю 1993 года Таджикистан покинули около 300 тысяч из 388 тысяч славян, проживавших в республике до начала гражданской войны. В конце апреля через границу прорвался новый крупный отряд оппозиции, а отряд Абдурахима занял значительную часть Шуробадского района Кулябской области. Существенно ухудшилась экономическая ситуация в Таджикистане Ленинабадская область заключила прямое (без посредничества центрального правительства) соглашение с Ташкентской областью Узбекистана, предусматривавшее в том числе и поставки в Ходжент продовольствия. Природные катаклизмы на юге (ливневые дожди с 29 апреля по 10 мая) привели к катастрофическим последствиям, окончательно подорвав сельское хозяйство и разрушив хозяйственную и жилую инфраструктуру.
Постепенно активизировались отряды оппозиции в горных районах. В конце июня в течение нескольких дней продолжались ожесточенные бои в районе г. Рогу-на к северо-востоку от Душанбе. В этих боях принимала участие бронетехника 201-й мсд, а правительственным силам противостоял отряд полевого командира Ризвона 24 июня в сторону Рогуна двинулась колонна из более чем 40 танков и БМП, два из которых были подбиты на второй день столкновения
В ночь с 12 на 13 июля отряд боевиков численностью более 200 человек прорвался на территорию Таджикистана в районе 12-й заставы. В результате ожесточенного боя погибли 24 пограничника, а также несколько военнослужащих 201-й мед и сотрудников КНБ Таджикистана. Непосредственное руководство боевиками осуществлял полевой командир афганских моджахедов Хамидулло. В операции участвовали и боевики Ш. Юсуфа. Группами боевиков были заняты приграничные селения, в том числе кишлак Вори.
Обострились боевые действия в районе Тавильдары, где правительственным войскам противостоял отряд Абдулгафура. Дорога из Душанбе в долину Каратегина была блокирована отрядами Нозима и Исмата. Оппозиционные силы контролировали также Рогун и Обигарм.
Война в Таджикистане продолжалась. Не прекращались прорывы через границу оппозиционных групп Начиная с конца июля активизировалась деятельность правительственных сил на Памирском направлении, преимущественно в районе Тавильдары вдоль шоссе, ведущего через перевал Хабуработ в Хорог, что мотивировалось необходимостью подвоза продуктов в Бадахшан. Одновременно продолжалось практически непрерывное давление на российских пограничников со стороны отрядов оппозиции с территории Афганистана — преимущественно в районах 7-й, 10-й, 11-й и 12-й застав. Один из отрядов оппозиции численностью около 400 человек занял плацдарм шириной до восьми километров и глубиной девять.