Сразу же по окончании сессии разразились бои за взятие столицы, и 10 декабря силы «Народного фронта» вошли в Душанбе. Начался террор против памирцев и каратегинцев. Политика нового таджикского руководства в первые месяцы после прихода к власти была направлена на ее укрепление и подавление любой оппозиции. В январе — феврале 1993 года были арестованы практически все деятели оппозиционных партий и движений на севере республики — в Ленинабадской области, в том числе и занимавшие умеренные позиции.
На юге республики постепенно активизировались выступления проправительственных сил против отрядов оппозиции. Основные боевые действия переместились в Каратегин и Дарваз. В этих операциях активно участвовала узбекистанская авиация.
В первой половине февраля активные действия велись в Ромитском ущелье, где было сбито два самолета. На пост министра обороны Таджикистана был назначен полковник Александр Шишлянников, до этого служивший в Министерстве обороны Узбекистана, а ранее — в частях 40-й армии в Афганистане. Его заместителем стал также русский старший офицер. С момента захвата Душанбе в декабре 1992 года и по февраль 1993 года в столице Таджикистана от рук боевиков «Народного фронта» погибло несколько сот выходцев из горных районов, среди них ученые, инженеры, студенты, сотрудники милиции и КНБ, должностные лица.
22 февраля группа боевиков «Народного фронта» в числе 119 человек на вертолетах вылетела в Гарм — столицу Каратегина, где была полностью уничтожена оппозиционерами, после чего Гарм покинули жители. Продолжались этнические чистки и в Гиссаре, где в приграничных с Узбекистаном селах вырезалось население: на участке Лахути — 73 человека (в том числе 20 детей), на участке Пахтакор — 40, Пахтакори-поен — 35, участке Чапаева — 35, в поселке Пахтаабад — 170, поселке Ленинград — 28, кишлаке Ширкент — 15, в г- Турсунзаде — около 130 человек.
29 марта в Курган-Тюбе были убиты С. Сафаров и известный полевой командир, лидер узбеков-локайцев Ф. Саидов. Распространялись слухи об ответственности за это исламистов, но и высказывалось мнение, что они были уничтожены своими, поскольку выполнили возлагавшиеся на них функции и по ряду причин стали ненужными. Со 2 апреля началось проникновение боевых групп с территории Афганистана, где в восьми лагерях сосредоточились свыше 100 тысяч беженцев. Бои с некоторыми отрядами носили ожесточенный характер.
Первое нападение было совершено отрядом муллы Абдурахима, уроженца Куляба и давнего соперника официального главы областного управления мусульман Хайдара Шарифова. Против нападавших была применена авиация. Стало также известно о тайной поездке по приграничным районам Давлята Усмона. 5 апреля на территории Хорогского погранотряда были похищены 10 российских пограничников, которых, однако, через несколько дней освободили.