В конце февраля 1994 года ситуация как внутри самого Таджикистана, так и на таджикско-афганской границе еще более осложнилась. С 19 по 22 февраля посты пограничников и 8-я застава Пянджского погранотряда были обстреляны тяжелой артиллерией и реактивными снарядами. Однако Совет исламского сопротивления Таджикистана, находившийся в г. Тулукане, опроверг заявление МИД Таджикистана о том, что боевые группы исламистов обстреливают с территории Афганистана местоположение правительственных формирований. На территории республики произошло несколько крупных столкновений, причем в ряде случаев между правительственными отрядами. Внутри этих сил начались разногласия не только на региональной, но и на межэтнической основе. Наиболее яростными столкновениями были перестрелки 19 февраля недалеко от Душанбе между милиционерами-кулябцами и узбеками-локайцами, а также в Джиликульском районе между узбеками-кунградами и выходцами из Кулябской области.
К этому времени численность коллективных миротворческих сил составляла 25 тысяч человек. При этом численность узбекского батальона, занявшего позиции в тылу Пянджского погранотряда, достигала 350 человек, киргизский батальон в 286 человек занял позиции на Памире. На начало марта Казахстан свой батальон так и не прислал. Из 65 млрд рублей, потраченных за полгода на содержание пограничников и контингента миротворческих сил, 57 млрд взяла на себя Россия. Этим силам в самом Таджикистане противостояли: вооруженное подполье в Душанбе — 4500 бойцов, в бывшей Кулябской области — около 2000 человек, в Курган-Тюбе — 3500 бойцов, в Горном Бадахшане — 7000.
Подобные факты свидетельствовали о неспособности или нежелании официального Душанбе идти на какие-либо меры по прекращению конфликта. Однако с начала марта отмечалась активизация усилий Москвы с целью побудить правительство Э. Рахмонова к переговорам с оппозицией. Заместитель министра иностранных дел России А. Адамишин посетил Тегеран с целью установления контактов с лидерами Совета исламского сопротивления, а также Демократической партии и «Растохеза». Была достигнута договоренность о проведении переговоров в Москве. Делегацию от правительства Таджикистана должен был возглавить вице-премьер М. Назаршоев — памирец по происхождению. Однако в ночь с Юна 11 марта он был убит у себя дома, что послужило поводом для сторонников проведения жесткой линии в обоих лагерях. Переговоры, назначенные на 16 марта, вновь оказались сорванными. Тем не менее Москва не ослабила своих усилий по организации переговоров, поскольку к этому времени всем сторонам стало окончательно ясно, что таджикская проблема пока не имеет военного решения.