В качестве демонстрации силы Российской армией были срочно подготовлены и 24–26 марта проведены близ заповедника «Тигровая балка» на побережье Пян-Джа учения коалиционных сил СНГ. Учениями руководил командующий контингентом миротворческих сил Б. Пьянков (общее наблюдение осуществлял министр обороны России П. Грачев). В учениях приняли участие подразделения вооруженных сил России, Таджикистана и Узбекистана общей численностью около 950 человек. Было задействовано 28 танков, 104 БМП, 20 боевых самолетов. Необходимость проведения учений обосновывалась усилением напряженности на таджико-афганской границе. В то же время визит П. Грачева в значительной мере повлиял на взгляды руководства Таджикистана в отношении оппозиции, поскольку генерал заявил в интервью журналистам, что единственным способом решения таджикистанской проблемы являются политические переговоры.
Внутренняя ситуация по-прежнему характеризовалась крайней напряженностью. Сообщалось о продолжавшихся разборках между различными местными лидерами, большинство из которых были ранее командирами отрядов «Народного фронта», об убийствах журналистов, военнослужащих и представителей оппозиции.
18 июня в Тегеране начались переговоры между делегациями правительства Таджикистана и объединенной оппозиции. В результате девятидневного обсуждения по основному вопросу о прекращении огня соглашение так и не было подписано, поскольку правительственная делегация не соглашалась на ряд условий, выдвинутых оппозицией, в том числе — освободить всех политических заключенных. Таджикская оппозиция распространила заявление, в котором увязала позицию правительственной делегации с намерениями душанбинского режима оттянуть время для проведения референдума о новой конституции и выборов президента, а в опубликованном 15 августа заявлении обвинила МИД России в срыве подписания соглашения о временном прекращении огня.
Не добившись политических результатов на переговорах, оппозиция развернула широкомасштабные боевые действия в Таджикистане, охватившие долину Тавильдары, Дарваз, некоторые районы Каратегина и Припянджья. Потерпев ряд неудач и понеся ощутимые потери в живой силе и технике, правительство вынуждено было направить в Тегеран делегацию, которой теперь оставалось только согласиться с условиями оппозиции. В результате соглашение о временном прекращении огня было подписано.
В республике шла предвыборная кампания, сопровождавшаяся силовым давлением на оппонентов и население. В Ходжент был направлен отряд кулябских боевиков численностью до 300 человек во главе с министром внутренних дел, бывшим душанбинским рэкетиром Я. Салимовым. Были заменены на лояльных Э. Рахмонову лиц начальники районных управлений внутренних дел Ура-Тюбе и Ганчи, развернута кампания в СМИ по дискредитации основного оппонента Рахмонова — А Абдуллоджанова, начата кампания по запугиванию населения вооруженными группами с целью побудить граждан голосовать за Рахмонова. В столице эта акция сопровождалась составлением списков населения с личной подписью каждого жителя.