В Министерстве обороны Абхазии полагали, что группировка войск в ущелье наращивалась Грузией не для войны, а для того, чтобы охранять правительство в изгнании и готовить плацдарм — по данным абхазов, в ущелье размещаются подразделения инженерных войск, связисты, разведчики. Тем временем Абхазия усилила свою военную группировку у входа в ущелье Был произведен призыв резервистов.
2 августа была завершена переброска в Кодорское ущелье многих членов правительства и парламента Абхазии в изгнании. В связи с требованием Тбилиси допустить к переговорам с Сухуми представителей «законного правительства Абхазской автономной республики» грузино-абхазские переговоры оказались сорваны. Абхазская сторона заявила, что ни при каких обстоятельствах не сядет за стол переговоров, если за тем же столом окажутся представители «автономистов».
Как заявил премьер-министр Грузии Зураб Ногаидели, правительство «Абхазской автономной республики» разместится в селе Чхалта (последнее грузинское село Кодорского ущелья перед постами российских миротворцев, разделяющими грузинские и абхазские формирования), а «Верховный совет Абхазской автономной республики» — в селе Ажара (административный центр Кодорского ущелья).
13 октября 2006 года Совет Безопасности ООН единогласно одобрил новый проект резолюции по Грузии, внесенный Россией. В резолюции содержалось осуждение Грузии за нагнетание ситуации в Кодорском ущелье и призыв к исполнению всех международных договоренностей. Резолюция также предусматривала продление до 15 апреля 2007 года мандата военных наблюдателей ООН в зоне грузино-абхазского конфликта и содержала призыв к грузинской стороне соблюдать, в том числе в Кодорском ущелье, положения Московского соглашения 1994 года В начале октября Москва дважды вносила проекты резолюции по Грузии, но из-за сопротивления со стороны США они так и не были приняты. Ранее России удалось убедить ООН в необходимости возобновить патрулирование верхней части Кодорского ущелья, прерванное еще летом 2003 года, причем с участием российских миротворцев, против чего активно возражала грузинская сторона.
11 марта 2007 года марионеточное «абхазское правительство в изгнании» обвинило российских миротворцев в том, что они совместно с вооруженными формированиями Абхазии минируют переходы из Гальского района Абхазии в Зугдидский район Грузии — по их словам, это делается для того, чтобы обеспечить явку грузинского населения Гальского района на повторные выборы в парламент Республики Абхазия.
В ночь на 12 марта верхняя часть Кодорского ущелья — села Чхалта, Ажара и Генцвиши — подверглись обстрелу. Грузинская сторона сразу же поставила в известность о случившемся командование российских миротворцев и представителей миссии военных наблюдателей ООН. Министерство обороны Грузии перевело вооруженные силы страны на казарменное положение. В повышенную готовность были приведены подразделения МВД Грузии. Ночью из Тбилиси на базу в Сенат (запад Грузии) началась переброска боевых вертолетов.