В 2003 году, во время «революции роз» в Грузии, Квициани поддержал Эдуарда Шеварднадзе, в связи с чем в декабре 2004 года он был снят со своего поста, а в апреле 2005 года министр обороны Грузии Ираклий Окруашвили подписал распоряжение о расформировании его отряда, которое, однако, не было выполнено.
22 июля 2006 года Квициани поднял мятеж против грузинского правительства, потребовав отставки руководителей силовых ведомств. 25 июля в нарушение Да-гомысских соглашений 1993 года в Кодорское ущелье были введены грузинские войска. В Грузии было объявлено, что сам Квициани и остатки его отряда укрылись на территории России.
27 июля Саакашвили объявил о завершении операции в Код ори, после чего заявил о том, что в ущелье переедут правительство и парламент Абхазии в изгнании, находившиеся с 1993 года в Тбилиси. Лидер Абхазии Сергей Багапш заявил, что если это произойдет, то Абхазия не только выйдет из всех переговоров с Грузией, но и «оставляет за собой право не допустить размещения в ущелье марионеточного правительства».
31 июля посетивший Тбилиси заместитель госсекретаря США по странам Европы и Евразии Мэтью Брайза после переговоров с грузинским руководством назвал «законной» проведенную спецоперацию в Кодорском ущелье, которая, по его мнению, направлена «против криминальных элементов с целью защиты прав и интересов граждан Грузии». Брайза заверил, что США поддерживают действия грузинских властей.
31 июля в Абхазии появились первые представители северокавказских республик России (некоторые из которых участвовали в грузино-абхазском конфликте 1992–1993 гг.), предложившие абхазским руководителям помощь из Адыгеи, Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии, чтобы защитить в Абхазии интересы России. Президент Абхазии Сергей Багапш, встретившись с ними, попросил не «создавать неразбериху и не мешать профессиональным военным». По его словам, за последний год Абхазия хорошо подготовилась в военном плане, чтобы самостоятельно организовать свою оборону. По его мнению, само по себе Кодорское ущелье опасности для Абхазии не представляет — грузинская армия не сможет пройти через Кодорское ущелье, несмотря на всю его стратегическую важность, потому что оно не приспособлено для проезда военной техники. Багапш заявил, что абхазское руководство больше всего беспокоит ситуация в Гальском районе (населенном преимущественно грузинами-мегрелами) и возможность нападения с моря. В то же время размещение в Кодорском ущелье абхазского правительства в изгнании воспринималось как политическая угроза, способная помешать потенциальному международному признанию независимой Абхазии.