Первые обитатели Хараппы сразу же предприняли строительство огромного размаха на месте, где стояла деревня, родственная по своей культуре поселениям Белуджистана. Они построили из необожженных кирпичей и принесенной земли террасу высотой 3 м. Она была окружена стеной толщиной 12 м у основания, сужавшейся кверху. Изнутри стена была выложена обожженным кирпичом и землей так, что она находилась на высоте 6 м над уровнем равнины. Эта терраса много раз перестраивалась.
Внутри цитадели существовали колодцы и система канализации по водостоку, выложенному из того же материала. Между цитаделью и рекой находились продовольственные склады. Они располагались на приподнятой террасе, предохранявшей их от наводнения. Склады были устроены так, чтобы между полом и фундаментом мог свободно циркулировать воздух, обеспечивая вентиляцию. Рядом со складами располагалась своего рода «мельница» и выстроенные по строгому плану «рабочие кварталы».
Цитадели Хараппы и Мохенджо-Даро дают основание предполагать наличие строго организованного, структуризированного и иерархизированного общества. Население Мохенджо-Даро в пору расцвета города, по всей вероятности, составляло несколько десятков тысяч человек.
«Нижний город» характеризуется строгостью планировки: широкие улицы, ориентированные с севера на юг и с запада на восток, образовывали квадратные кварталы, размером, приблизительно 240 × 360 м. Особенностью этих кварталов было то, что ни одна дверь не выходила на главные улицы. Вероятно, вывод дверных проемов в маленькие переулки внутри квартала должен был предохранять их обитателей от пыли и грязи, которыми покрывались улицы в период засухи и дождей. Каждый дом имел свой водосток. Система все утолщающихся водостоков выводила поток нечистот в центральную канализацию. Водостоки были выложены из обожженных кирпичей и скрыты от пешеходов и жителей кварталов. Для очистки городов использовались также урны. Они представляли собой кирпичные резервуары, прикрепленные к стенам домов.
В «Нижнем городе», как и в цитадели, имелись постройки общественного назначения. Так, в Мохенджо-Даро было найдено большое помещение, находившееся на одной из центральных улиц. В углу был вырыт колодец, а вдоль стены расставлялись подставки под кувшины с водой. Возможно, здесь располагалось нечто вроде столовой, где можно было выпить воды или пальмового вина.
Средний дом в Мохенджо-Даро представлял собой строение размером 25 × 30 м, плотно прижатое к соседнему дому, для того чтобы избежать накопления мусора между ними. Первое помещение в доме предназначалось для «привратника»: дверь в него была особенно широка, и можно было с легкостью наблюдать за всеми, кто входит и выходит. Помещение «привратника» выводило в широкий коридор, вдоль которого располагалось несколько жилых комнат. В доме имелась туалетная комната, снабженная даже душем, и кухня. Семья жила на втором этаже, который, вероятно, полностью строили из дерева, о чем можно судить по большому количеству древесных остатков, обнаруженных при раскопках городов.