6 мая промышленность доложила об устранении 20 замечаний, в т.ч. по приемистости двигателя у земли за счет нового механизма принудительного открытия заслонок карбюратора. Микулин занимался конструктивными дефектами АМ-35А, а технологическая служба завода N° 24 взялась за устранение грубых отступлений от директивной технологии, отменив некоторые упрощения конструкции и разрешения на замену материалов на менее дорогие и дефицитные. Дополнительные испытания показали, что надежность АМ-35А улучшилась.
Военные требовали установить на МиГ-3 бронестекло и усилить бронеспинку, но центровка не позволяла этого сделать. Более того, с полной заправкой устойчивость ухудшилась, и 28 апреля количество топлива в фюзеляжном баке было разрешено уменьшить до 180 кг. Взлетную массу доработанного МиГ-3 уменьшили на 90 кг. Испытания в мае 1941 г. показали, что улучшились взлетные качества машины, она стала устойчивее при наборе высоты. Характеристики затухания колебаний на нисходящих маневрах пришли в норму. По докладу испытателей, «…на скоростях средней и максимальной самолет устойчив (при отдаче ручки с увеличением скорости на 50-80 км самолет на третьем колебании возвращается в первоначальное положение)… на виражах самолет устойчив: перетягивание ручки не ведет к сваливанию в штопор. Петля и иммельман делаются значительно легче и устойчивее, чем на прежнем серийном самолете… Пикирование совершается устойчивее, что особенно сказывается при переходе с пикирования на боевой разворот, причем самолет не обнаруживает стремления к выходу на большие углы атаки». И общий вывод: «Уменьшение заднего бензобака дало заметное улучшение устойчивости и управляемости самолета».
Но причиной частых срывов в штопор была также недостаточная эффективность элеронов и чрезмерная чувствительность серийного самолета к отклонению руля высоты (РВ). Чтобы найти выход, решили провести специальные испытания на пяти доработанных МиГ-3. На этих машинах было изменено соотношение площадей стабилизатора и руля высоты (сделали 2 новых варианта горизонтального оперения, на одном изменена осевая компенсация элеронов, еще на одном – кинематика элеронов). Так как на больших углах атаки наблюдалось снижение усилий на ручке, то все пять машин оснастили контрбалансирами (пружина отжимала ручку управления вперед и исключала иллюзию необходимости «дотянуть» ее на себя). Испытания, в которых участвовали 12 летчиков завода № 1, ЛИИ и НИИ ВВС, продолжались с 30 мая по 2 июня. Они показали, что соотношение площадей стабилизатора и РВ должно быть 64/36% вместо имеющегося 53/47%, компенсация элеронов – 26% вместо 24%, а в канал руля высоты надо включить контрбалансир.